La moral católica distingue entre anticoncepción y aborto. En la anticoncepción, el acto pretende impedir la concepción; en el aborto, la acción destruye deliberadamente una vida humana ya concebida. La dificultad moral de ciertos métodos de urgencia aparece cuando, además de impedir la ovulación o la fecundación, pueden interferir con la implantación de un embrión. La Conferencia Episcopal de Inglaterra y Gales describe esta diferencia como una distinción fundamental que algunos métodos hormonales pueden volver menos clara.
La Congregación para la Doctrina de la Fe sostiene que impedir intencionadamente la implantación de un embrión posiblemente concebido constituye una acción moralmente ilícita. Su juicio se refiere a la intención de solicitar o prescribir un fármaco con ese fin y al efecto directo de la intervención, no a la afirmación de que cada uso produzca necesariamente un aborto. El mismo documento reconoce que no siempre existe un conocimiento completo sobre el modo de actuar de cada preparado y que la fecundación no ocurre después de toda relación sexual.
«Los métodos de intercepción y contragestación entran dentro del pecado del aborto y son gravemente inmorales.»
La Academia Pontificia para la Vida aplicó este razonamiento a la píldora del día después tal como la describía en su declaración de 2000. Consideró que su efecto antiimplantatorio podía impedir que un embrión llegase a implantarse y calificó ese efecto como aborto químico, pues entendía que el embarazo comienza con la fecundación y no con la implantación. Esta valoración corresponde a la descripción del preparado y de su mecanismo que ofrecía aquel documento; no permite atribuir sin más el mismo mecanismo a todos los métodos actuales comprendidos bajo la expresión anticoncepción de urgencia.,
Por tanto, la evaluación moral no depende solo del nombre comercial del producto ni de que se emplee después de una relación sexual. Exige considerar el método concreto, su mecanismo, el momento en que actúa y la intención de quien lo solicita, prescribe o administra. La Iglesia rechaza la intervención que destruye un embrión o impide su implantación, aunque el mismo recurso pueda actuar en otras circunstancias antes de la fecundación.,