Tras la muerte del obispo Alejandro en el año 328 d.C., Atanasio fue elegido su sucesor como obispo de Alejandría. Su episcopado, que duró 45 años, fue una lucha constante contra la facción arriana y sus aliados en la corte imperial. Sufrió un total de cinco exilios, pasando diecisiete años fuera de su sede episcopal.
Primer exilio (335-337 d.C.)
El primer exilio de Atanasio fue resultado de las intrigas de los obispos arrianos y eusebianos (seguidores de Eusebio de Nicomedia), quienes lo acusaron falsamente de varios crímenes, incluyendo asesinato y brujería. Fue depuesto en el Sínodo de Tiro en el año 335 d.C. y exiliado a Tréveris, en la Galia (actual Alemania), por el emperador Constantino,. Durante este tiempo, el emperador Constantino César (hijo de Constantino el Grande) expresó su intención de restaurar a Atanasio en su sede.
Segundo exilio (339-346 d.C.)
Después de la muerte de Constantino el Grande, Atanasio regresó a Alejandría en el 337 d.C., pero su regreso fue breve. Fue nuevamente exiliado en el 339 d.C. por el emperador Constancio II, un simpatizante arriano, y se refugió en Roma bajo la protección del Papa Julio I. Durante este período, los arrianos nombraron a Gregorio de Capadocia como obispo de Alejandría.
Tercer exilio (356-362 d.C.)
En el año 356 d.C., las fuerzas imperiales, bajo el mando del duque Siriano e Hilario el Notario, irrumpieron en la iglesia de Teonas en Alejandría por la noche para arrestar a Atanasio. Sin embargo, Atanasio logró escapar. Este exilio fue particularmente largo y peligroso. Atanasio pasó gran parte de este tiempo escondido en el desierto egipcio, entre los monjes, quienes eran sus firmes aliados,. Durante este período, continuó escribiendo obras teológicas fundamentales para la defensa de la ortodoxia.
Cuarto exilio (362-363 d.C.)
El emperador Juliano el Apóstata, que intentó restaurar el paganismo, permitió el regreso de los obispos exiliados, incluido Atanasio, con la esperanza de que las divisiones cristianas se intensificaran. Sin embargo, Atanasio rápidamente restableció el orden en Alejandría y convocó el Sínodo de Alejandría en el 362 d.C., donde se abordaron cuestiones cristológicas y se promovió la unidad entre los nicenos. Juliano, al ver la influencia de Atanasio, lo exilió nuevamente, esta vez bajo la acusación de bautizar a mujeres griegas.
Quinto exilio (365-366 d.C.)
Bajo el emperador Valente, otro arriano, Atanasio fue exiliado por quinta y última vez en el año 365 d.C.. Sin embargo, debido a la presión popular y a la inestabilidad política, Valente revocó su decisión y permitió que Atanasio regresara a Alejandría en el 366 d.C..