Investigación y denuncia
El procedimiento inquisitorial pertenecía al modelo jurídico de investigación oficial. El juez no esperaba únicamente una acusación privada, sino que podía iniciar una pesquisa a partir de rumores, testimonios, denuncias o indicios públicos. Este procedimiento no era exclusivo de la Inquisición: otros tribunales medievales también utilizaban la investigación judicial y el interrogatorio de testigos.
El inquisidor podía convocar a la población mediante un periodo de gracia. Durante ese tiempo, las personas que hubieran participado en prácticas heréticas podían confesar, abandonar el error y recibir una reconciliación con penas normalmente más leves. La predicación y la instrucción doctrinal acompañaban habitualmente el proceso judicial.,
Interrogatorio y garantías limitadas
El acusado debía comparecer ante el inquisidor y responder a las preguntas formuladas. El sistema admitía testigos, confesiones, documentos y otros indicios. La práctica medieval no reconocía las garantías procesales modernas: el acusado podía desconocer la identidad de los testigos y disponía de posibilidades limitadas para impugnar las acusaciones.,
La ocultación de los nombres de los testigos pretendía protegerlos frente a represalias, pero debilitaba la defensa del acusado. El juramento de comparecer y aceptar la sentencia constituía una herramienta esencial del tribunal. La ruptura del juramento podía agravar la sospecha, especialmente porque algunos grupos religiosos rechazaban el juramento por motivos doctrinales.
El acusado podía permanecer en libertad hasta la celebración pública de la sentencia, aunque debía comprometerse a comparecer cuando el inquisidor lo convocase. Las autoridades también podían exigir fianzas, garantes o determinados compromisos personales.
La tortura
La tortura no formó parte de los comienzos de la Inquisición medieval. Durante las primeras décadas, los tribunales eclesiásticos la prohibieron o no la autorizaron. El papa Inocencio IV permitió su utilización en 1252 mediante la bula Ad extirpanda, con confirmaciones posteriores de Alejandro IV y Clemente IV.,
La legislación establecía límites: la tortura no debía provocar la muerte ni la mutilación, debía aplicarse en circunstancias excepcionales y no podía convertirse formalmente en una pena. El derecho inquisitorial la concebía como un medio para obtener la verdad, no como castigo. En la práctica, sin embargo, estos límites no siempre resultaron eficaces y la tortura podía producir confesiones falsas o declaraciones contradictorias.
El inquisidor Nicolás Eymerich, autor del Directorium inquisitorum en el siglo XIV, consideró falible e ineficaz la tortura. Esta valoración muestra que incluso dentro de la tradición inquisitorial existía conciencia de la debilidad probatoria de las confesiones obtenidas mediante coacción.