Conversos y judaizantes
Durante las primeras décadas, la mayor parte de la actividad inquisitorial se dirigió contra cristianos de origen judío acusados de practicar clandestinamente el judaísmo. Las acusaciones podían referirse al descanso sabático, las normas alimentarias, las oraciones, las fiestas o los ritos funerarios.
La persecución de los judaizantes tuvo consecuencias religiosas, familiares, económicas y sociales. Las confiscaciones podían arruinar a familias enteras, mientras que la sospecha de falsa conversión afectaba incluso a generaciones posteriores. El tribunal no juzgaba a las comunidades judías no bautizadas por practicar el judaísmo como tal; su competencia se fundamentaba en el bautismo de los acusados y en la imputación de herejía o apostasía.
Moriscos
Tras la conquista de Granada y las conversiones forzosas o condicionadas de musulmanes, la Inquisición amplió su actividad hacia los moriscos, es decir, musulmanes bautizados y sus descendientes. El tribunal investigó la continuidad clandestina de prácticas islámicas, como determinadas costumbres alimentarias, ritos, oraciones y usos culturales.
La cuestión morisca mezcló la defensa de la fe, la política de uniformidad religiosa y la seguridad interior de la monarquía. Las acusaciones de colaboración con potencias musulmanas o de preparación de rebeliones otorgaron a estos procesos una dimensión política y militar que excedía la pura controversia doctrinal.
Protestantes y erasmistas
En el siglo XVI, la Reforma protestante modificó las prioridades del Santo Oficio. La Inquisición persiguió la difusión de doctrinas luteranas, calvinistas y reformadas, especialmente en núcleos vinculados a Valladolid y Sevilla. También vigiló determinadas corrientes espirituales, obras de Erasmo de Rotterdam y expresiones consideradas próximas al alumbradismo o a la heterodoxia.
El control de la circulación de libros adquirió una importancia creciente. La Inquisición publicó catálogos de obras prohibidas y condenadas, aunque la historia de esos índices exige cautela. Durante mucho tiempo, algunos historiadores aceptaron la existencia de un índice español impreso en 1547. Un estudio posterior concluyó que la fecha probablemente procedía de un error de copia y que la documentación conservada apunta a una carta de 1551.,
La Inquisición publicó en 1551 catálogos de libros prohibidos en Valladolid, Toledo, Sevilla y Valencia; también existen noticias de una edición granadina de 1552 cuyo ejemplar no ha llegado hasta la actualidad. Las ediciones de 1551 presentan diferencias entre sí, lo que muestra que la censura dependía de procedimientos locales y de decisiones sucesivas de la Suprema.,
Blasfemia, superstición y moral
Con el paso del tiempo, la actividad inquisitorial se desplazó parcialmente hacia delitos relacionados con la moral, la disciplina religiosa y ciertas prácticas populares. La blasfemia, la bigamia, la solicitación en el confesionario, la adivinación y algunas formas de magia podían adquirir relevancia inquisitorial.
No todos los acusados recibían la misma pena. El tribunal podía absolver, amonestar, imponer penitencias, exigir una abjuración, ordenar el destierro, recluir en un convento, confiscar bienes o condenar a penas más graves. La respuesta dependía de la naturaleza del delito, la intención atribuida, la reincidencia, la cooperación del acusado y la valoración de los inquisidores.