La Basílica de San Pablo Extramuros es una de las cuatro Basílicas Mayores de Roma y tiene una importancia especial en la historia del cristianismo, siendo un destino de numerosas peregrinaciones, especialmente durante los Años Santos. Se erige sobre el lugar donde se venera la memoria del Apóstol a los Gentiles. El tratado de Letrán de 1929 y los acuerdos posteriores entre la Santa Sede e Italia reconocen que los edificios y áreas del complejo de San Pablo Extramuros pertenecen a la Santa Sede y gozan de un estatus legal especial según el derecho internacional. El Sumo Pontífice ejerce poderes civiles sobre todo el complejo extraterritorial.
En 2005, el Papa Benedicto XVI, mediante el Motu Proprio «La Antigua y Venerable Basílica», estableció nuevas normas para la gestión pastoral y administrativa del complejo. Designó a un Arcipreste para la Basílica de San Pablo Extramuros, quien ejerce jurisdicción ordinaria e inmediata. El Arcipreste también supervisa todo el complejo extraterritorial y coordina las oficinas administrativas, excluyendo lo que corresponde exclusivamente al Abad dentro de la Abadía.
El Abad de la Abadía benedictina de San Pablo Extramuros, que ha existido durante 13 siglos, es el Vicario del Arcipreste para la pastoral,. El Abad, una vez canónicamente elegido y confirmado por el Romano Pontífice, goza de todos los derechos y prerrogativas propias del Superior de la comunidad benedictina. Sin embargo, la zona extraterritorial adyacente a la Abadía fue retirada de la jurisdicción del Abad para permitirle una mayor dedicación a sus deberes monásticos. La abadía tomó el título de «Abadía de San Pablo Extramuros» el 7 de marzo de 2005, tras la supresión de su carácter y título como circunscripción «territorial».
La administración del sacramento de la Penitencia en la Basílica está a cargo de confesores elegidos entre los monjes benedictinos. La intención es asegurar este ministerio para todos los fieles y peregrinos que acuden a la Basílica.
Con la excepción de la competencia del Arcipreste y la propia del Abad, el Cardenal Vicario de Roma posee jurisdicción pastoral ordinaria sobre toda la zona extraterritorial de San Pablo Extramuros, ejercida a través de la parroquia que forma parte de la diócesis. La Pontificia Administración de la Basílica Patriarcal de San Pablo, establecida en 1933 y actualizada en 1962, fue suprimida y sus funciones transferidas al Arcipreste en 2005.