Infancia y familia
Miguel Agustín Pro nació en Guadalupe, cerca de Zacatecas, el 13 de enero de 1891. Fue hijo de Miguel Pro, trabajador de la minería, y de Josefa Juárez, quienes proporcionaron a sus hijos una educación religiosa y humana. Miguel fue el tercero de diez hermanos.,
La profesión de su padre obligó a la familia a trasladarse con frecuencia. Durante su infancia y juventud vivió en distintas ciudades mexicanas. Quienes lo conocieron destacaron su carácter abierto y alegre, su trato cordial y su especial sensibilidad hacia los pobres y los enfermos.
Vocación religiosa
Miguel ingresó en el noviciado de la Compañía de Jesús en El Llano, cerca de Zamora, el 10 de agosto de 1911. Emitió sus primeros votos religiosos el 5 de agosto de 1913. Durante su formación manifestó fidelidad a sus compromisos, espíritu de obediencia, sinceridad, caridad hacia sus compañeros y dedicación al estudio.
La persecución contra las instituciones religiosas obligó a los jesuitas a abandonar México. En 1914, Miguel pasó por Zamora y Guadalajara, y posteriormente continuó su formación en Estados Unidos y España. Entre 1915 y 1920 estudió en Granada, donde también atendió a enfermos y enseñó la doctrina cristiana a personas marginadas.,
Después ejerció como profesor en Granada, Nicaragua, entre 1920 y 1922. Más tarde estudió teología en el colegio de San Ignacio de Sarriá, en Barcelona, y en Enghien, Bélgica. Recibió la ordenación sacerdotal el 30 de agosto de 1925.