El Códice Basilensis debe su nombre a la ciudad de Basilea, donde se encuentra custodiado desde hace siglos en la Biblioteca Universitaria de Basilea. Este manuscrito fue identificado y catalogado en el siglo XIX como parte de los esfuerzos sistemáticos por recopilar y analizar los códices bíblicos antiguos, impulsados por eruditos como Constantin von Tischendorf y otros filólogos del Renacimiento textual. Su origen se remonta al siglo VIII, un período de transición en la historia del cristianismo occidental y oriental, marcado por la expansión de los monasterios como centros de copia y preservación de textos sagrados.
Aunque no se conoce con precisión el lugar exacto de su producción, se presume que fue elaborado en un scriptorium monástico del Imperio Bizantino o en regiones influenciadas por la liturgia griega, dada la lengua y el estilo caligráfico. Durante la Edad Media, el códice permaneció en entornos eclesiásticos, posiblemente en monasterios suizos o alemanes, antes de integrarse en las colecciones universitarias. En el siglo XIX, su estudio se intensificó con la publicación de catálogos exhaustivos de manuscritos neotestamentarios, donde se le asignó la sigla «E» en la clasificación de los códices minúsculos.
La historia del códice también refleja las vicisitudes de la preservación de los textos bíblicos durante las invasiones y las guerras medievales. A diferencia de códices más famosos como el Códice Sinaítico o el Vaticano, el Basilensis no experimentó traslados dramáticos ni redescubrimientos espectaculares, pero su estabilidad en Basilea ha permitido un acceso continuo para investigadores católicos y protestantes por igual.

