El interés del Nanianus para la teología sobrepasa la mera crítica textual, porque el códice incluye íntegros varios pasajes que ciertos manuscritos antiguos omiten. En ninguno de ellos aparecen marcas de sospecha del copista.
El final largo de Marcos (Mc 16, 9-20)
El códice contiene los doce últimos versículos del segundo Evangelio, con el anuncio de la resurrección a María Magdalena, el envío de los apóstoles, las señales que acompañan a los creyentes y la ascensión de Cristo. En el margen, sin embargo, esos versículos carecen de secciones amonianas y de referencias a los cánones, porque el aparato eusebiano de Marcos termina en el versículo 8.
La Iglesia recibe este final como Escritura inspirada. El Concilio de Trento declaró canónicos los libros sagrados «con todas sus partes, tal como se han leído en la Iglesia católica y se contienen en la antigua edición Vulgata latina», y la Comisión Bíblica reafirmó en 1912 el carácter inspirado y canónico de estos versículos, sin obligar a sostener que los escribiera el propio Marcos. San Ireneo de Lyon ya citaba Mc 16, 19 a finales del siglo II, lo cual demuestra la antigüedad de la tradición que el Nanianus recoge.
La pericopa de la mujer adúltera (Jn 7, 53 - 8, 11)
El Nanianus presenta el episodio completo, sin señales de duda. La Iglesia latina lo leyó desde antiguo, y san Jerónimo lo incorporó a la Vulgata. San Agustín explicó la razón de su ausencia en algunos manuscritos: ciertos fieles de poca fe, temerosos de que el perdón de Cristo alentara la impunidad de las esposas infieles, habrían suprimido la escena. La enseñanza que transmite el pasaje, con la misericordia de Cristo que perdona y a la vez exhorta a no pecar más, constituye uno de los pilares de la predicación cristiana sobre la penitencia.
Mt 16, 2b-3, Lc 22, 43-44 y Jn 5, 3b-4
El códice conserva también tres textos que algunos manuscritos importantes omiten:
- Mt 16, 2b-3: las palabras de Jesús sobre las señales del cielo y las señales de los tiempos.
- Lc 22, 43-44: la aparición del ángel que conforta a Jesús en Getsemaní y el sudor «como gruesas gotas de sangre». San Justino y san Ireneo conocían ya este pasaje en el siglo II.
- Jn 5, 3b-4: el ángel que agitaba el agua de la piscina de Betesda, tradición que Tertuliano conocía a comienzos del siglo III.