Los márgenes del códice constituyen una de sus mayores riquezas. Una o varias manos, en escritura ojival semejante a la del texto, añadieron a los Evangelios extractos patrísticos y notas exegéticas. El erudito Giovanni Mercati identificó y editó los más importantes a comienzos del siglo XX.
Hipólito de Tebas
En el margen izquierdo del folio 18v, junto al comienzo de Mateo, figura un pasaje del Syntagma chronologicum de Hipólito de Tebas, escritor bizantino. El texto arranca con una lista genealógica («Matán, el sacerdote...») y acompaña la genealogía de Jesucristo con que comienza el primer Evangelio.
Clemente de Alejandría y la curación del leproso
La nota más célebre aparece en el margen del folio 30, junto al relato de la curación del leproso (Mt 8,2-4). Lleva la indicación de que procede de las Hipotiposis de Clemente de Alejandría, una obra del siglo II-III que se ha perdido casi por completo. El fragmento comienza con las palabras «Y curó también al leproso...».
Mercati descubrió y publicó el fragmento en 1904. El texto transmite una tradición, que Clemente llama paradosis, según la cual los sacerdotes del templo curaban a los leprosos en días fijos por poder de Dios. Tras repetidos intentos fallidos con un enfermo, los sacerdotes concluyeron que solo el Mesías podía sanarlo y le pidieron que esperase. Cristo lo curó entonces y le ordenó mostrarse a los sacerdotes «como testimonio». Fuera de una alusión implícita en Ambrosio, ningún otro escrito antiguo conserva esta tradición, de modo que la nota del Vaticanus 354 constituye un hallazgo excepcional. Mercati advirtió, además, que el fragmento aporta un testimonio para el llamado texto occidental de los Evangelios.
Anastasio de Antioquía y Barrabás
Un escolio del folio 74, atribuido a san Anastasio de Antioquía ( 599), comienza con la fórmula «habiendo encontrado ejemplares muy antiguos...». La nota trata del nombre de Barrabás en el relato de la Pasión (Mt 27,16-17) y recuerda que algunos ejemplares antiguos llamaban al preso «Jesús Barrabás». Los críticos textuales citan este escolio en sus discusiones sobre el nombre completo de Barrabás, pues da testimonio de que la variante circulaba ya en la Antigüedad cristiana.
Isidoro de Pelusio y el sábado «segundo-primero»
En el folio 131 aparece un extracto de las cartas de san Isidoro de Pelusio ( hacia 440), que explica el adjetivo griego deuteroprôton, «segundo-primero», con el que san Lucas califica un sábado en Lc 6,1. La expresión es única en el Nuevo Testamento y los comentaristas antiguos propusieron diversas explicaciones, entre ellas la de este autor monástico egipcio.
Otros escolios
En el folio 182, al comienzo del Evangelio de Juan, un escolio anónimo comenta la figura de Juan Bautista y su misión de bautizar. Otras notas marginales, escritas por manos posteriores, corrigen el texto o añaden observaciones críticas.