El Códice Vaticano debe su nombre a la Biblioteca Apostólica Vaticana, donde ha residido desde al menos el siglo XV. Su origen exacto permanece envuelto en misterio, aunque los expertos lo sitúan en el siglo IV, posiblemente en Egipto, Roma o Asia Menor. Algunos eruditos, como Hort, lo atribuyen a Roma, mientras que otros, como Rendel Harris y Armitage Robinson, lo vinculan a Asia Menor. La hipótesis más extendida apunta a Egipto como lugar de producción, dada la similitud con otros manuscritos alejandrinos.1
La historia documentada del códice comienza en el Renacimiento. Catálogos antiguos de la Biblioteca Vaticana lo mencionan en el siglo XV, lo que indica que ya formaba parte de sus colecciones. Durante las guerras napoleónicas, en 1809, fue trasladado temporalmente a París como parte del botín de guerra, donde fue estudiado por filólogos como Hug. Tras la restauración de la paz, regresó a Roma en 1815. En el siglo XIX, el interés por este manuscrito creció exponencialmente gracias a los esfuerzos de eruditos como Tischendorf, quien, aunque defendía la primacía del Códice Sinaítico, reconoció la superioridad del Vaticano en pureza textual.1
A lo largo de los siglos, el códice ha sufrido mutilaciones y restauraciones. Las primeras páginas originales faltan, y se han añadido folios posteriores para suplir las lagunas. En el siglo XV, el monje Clemens realizó una retracing de las letras desvaídas, y en épocas modernas se han agregado secciones perdidas para su uso en la biblioteca.1 Hoy, se conserva en condiciones relativamente buenas, aunque se prevé que sin intervenciones conservadoras podría deteriorarse en el próximo siglo.1

