El Concilio de Trento se extendió a lo largo de dieciocho años, celebrándose en tres fases principales bajo los pontificados de Pablo III, Julio III y Pío IV.
Primera Fase (1545-1547)
En esta fase, se abordaron cuestiones fundamentales de la doctrina.
Justificación
La sexta sesión, el 13 de enero de 1547, promulgó un «magistral decreto sobre la justificación» (de justificatione), que constaba de un preámbulo y dieciséis capítulos con treinta y tres cánones que condenaban las herejías opuestas. Este decreto es considerado uno de los más importantes y decisivos de todo el concilio.
Sacramentos en General y Eucaristía
En la séptima sesión (3 de marzo de 1547), se promulgó un decreto dogmático con cánones sobre los sacramentos en general (trece cánones), sobre el bautismo (catorce cánones) y sobre la confirmación (tres cánones). El concilio enseñó claramente que los sacramentos contienen (continere) y confieren (conferre) la gracia a sus receptores, y que su uso (o el deseo de ellos) es necesario para la salvación.
Fuentes de la Revelación
La cuarta sesión (8 de abril de 1546) abordó la cuestión de las Sagradas Escrituras y las Tradiciones de los Apóstoles. El sínodo decretó que la verdad y la instrucción moral están contenidas tanto en los libros escritos como en las tradiciones no escritas, recibidas de Cristo y los apóstoles, y preservadas por la Iglesia Católica. El concilio, siguiendo el ejemplo de los Padres ortodoxos, recibe y venera con igual afecto y reverencia todos los libros del Antiguo y Nuevo Testamento, ya que un solo Dios es el autor de ambos, así como las tradiciones que pertenecen a la fe y a la moral.
Reforma Clerical
Se promulgó un decreto de reforma en quince capítulos sobre los obispos y los beneficios eclesiásticos, en particular sobre las pluralidades, las visitas y las exenciones, la fundación de enfermerías y los asuntos legales del clero.
Segunda Fase (1551-1552)
Durante esta fase, bajo el pontificado de Julio III, se continuaron los debates doctrinales, particularmente sobre la Eucaristía y la Penitencia. El Sínodo de los Obispos de 2004 destaca que el Concilio de Trento, en tres decretos, definió la doctrina eucarística después de la Reforma Protestante. Se afirmó la presencia verdadera, real y sustancial de Jesucristo, verdadero Dios y verdadero Hombre, en las especies del pan y del vino, y la doctrina de la transustanciación.
Tercera Fase (1562-1563)
La fase final, bajo Pío IV, concluyó el concilio.
Veneración de los Santos e Indulgencias
En la vigésimo quinta y última sesión (3-4 de diciembre de 1563), se aprobaron y promulgaron varios decretos. El 3 de diciembre, un decreto dogmático sobre la veneración e invocación de los santos, y sobre las reliquias e imágenes de los mismos. El 4 de diciembre, se promulgó un decreto dogmático sobre las indulgencias.
Reforma General
Se emitieron decretos de reforma sobre la vida de cardenales y obispos, la idoneidad para los eclesiásticos, las legaciones para las Misas, la administración de los beneficios eclesiásticos, la supresión del concubinato entre el clero y la vida del clero en general. Además, se decretó la preparación por parte del Papa de ediciones del Misal, el Breviario y un catecismo, así como una lista de libros prohibidos. El concilio también prescribió que se establecieran sínodos provinciales y que enviaran una lista de tres nombres a Roma para que el Papa pudiera elegir y nombrar obispos.
El 26 de enero de 1564, Pío IV confirmó los decretos en la bula «Benedictus Deus».
