La Inquisición romana
El origen histórico del Dicasterio se remonta a 1542, cuando el papa Pablo III instituyó una comisión de seis cardenales para atender los asuntos relacionados con la fe mediante la bula Licet ab initio, del 21 de julio de aquel año. La comisión recibió el nombre de Sacra Congregación de la Inquisición Romana y Universal.
Al principio, su función principal consistía en juzgar casos de herejía y cisma. Desde 1555, durante el pontificado de Pablo IV, su competencia se amplió a diversas cuestiones morales. En 1571, san Pío V creó la Congregación para la Reforma del Índice de Libros Prohibidos, organismo encargado durante varios siglos de la aplicación del Índice.
Sixto V reorganizó la Curia romana mediante la constitución apostólica Immensa aeterni Dei, de 1588, y extendió las responsabilidades de la Inquisición a todo aquello que afectara directa o indirectamente a la fe y a la moral.
El Santo Oficio
Pío X reorganizó la institución en 1908 mediante la constitución apostólica Sapienti consilio y sustituyó su denominación por la de Sacra Congregación del Santo Oficio. En 1917, Benedicto XV suprimió la Congregación del Índice y devolvió sus competencias al Santo Oficio.
Durante varios siglos, el papa conservó formalmente la prefectura de la Congregación debido a la especial sensibilidad de sus competencias. Un cardenal secretario dirigía habitualmente la actividad cotidiana. Pablo VI modificó esta práctica en el contexto de la reforma posterior al Concilio Vaticano II; más tarde, la constitución Regimini Ecclesiae universae, de 1968, estableció el título ordinario de prefecto para los cardenales que presidían las congregaciones.
La reforma de Pablo VI
El 7 de diciembre de 1965, Pablo VI promulgó el motu proprio Integrae servandae. La reforma cambió el nombre del Santo Oficio por el de Congregación para la Doctrina de la Fe y modificó profundamente su orientación.
La nueva perspectiva otorgó prioridad a la corrección de los errores, la protección de la fe y la promoción de la doctrina, en lugar de concentrarse principalmente en la condena punitiva. La reforma también abolió el Índice de Libros Prohibidos.
La reforma de 1988
Juan Pablo II reorganizó la Curia romana mediante la constitución apostólica Pastor bonus, de 28 de junio de 1988. La Congregación recibió como competencia principal «promover y defender la doctrina de la fe y sus tradiciones en todo el mundo católico». La reforma precisó además sus funciones y procedimientos.
Pastor bonus confirmó también su competencia judicial sobre los delitos contra la fe y sobre los delitos más graves cometidos contra la moral o en la celebración de los sacramentos.
La reforma de 2022
La constitución apostólica Praedicate Evangelium, promulgada por el papa Francisco el 19 de marzo de 2022 y vigente desde el 5 de junio del mismo año, sustituyó la denominación de congregaciones y consejos pontificios por la común de dicasterios.
El cambio no consistió únicamente en una modificación terminológica. La reforma presentó todos los organismos centrales de la Curia como instituciones al servicio de la evangelización y de la misión del Romano Pontífice. En el caso de la antigua Congregación para la Doctrina de la Fe, la nueva estructura conservó sus competencias doctrinales y disciplinarias, pero las organizó explícitamente en dos secciones autónomas coordinadas por sendos secretarios.
El motu proprio Fidem servare, de 11 de febrero de 2022, ya había modificado la estructura interna de la Congregación y distinguido una Sección Doctrinal y una Sección Disciplinar.