Los orígenes: de la antigüedad visigoda a la reconquista
El territorio conquense formó parte en época visigoda de las sedes de Valeria, Ercávica y, según una parte de los historiadores, Segóbriga, herederas de la organización eclesiástica anterior a la invasión musulmana.,
Alfonso VIII de Castilla conquistó Cuenca en septiembre de 1177 tras un largo asedio y ordenó consagrar al culto cristiano la antigua mezquita. Pronto hizo falta dotar a la nueva ciudad y a su amplio alfoz de una autoridad eclesiástica propia que organizara la repoblación y la vida cristiana.
La erección de la diócesis
Lucio III erigió la diócesis de Cuenca a finales del siglo XII y le asignó el territorio de las antiguas sedes de Valeria y Ercávica. La tradición eclesiástica y los anuarios fijan la fundación el 5 de julio de 1183. Los estudiosos discuten el año exacto: de las bulas conservadas, la única con fecha cierta es la del 15 de mayo de 1183, dirigida a Juan Yáñez, obispo electo, a quien el Papa autoriza para constituir el cabildo catedralicio.
Juan Yáñez, nacido en Toledo, fue el primer obispo y gobernó la Iglesia de Cuenca hasta su muerte, el 14 de diciembre de 1195. El cabildo se erigió el 28 de julio de 1183 con dieciséis canónigos regulares, que durante el siglo XIII pasaron a ser seculares.
Del pleito de límites a los sínodos medievales
En la década de 1220, el arzobispo de Toledo, Rodrigo Jiménez de Rada, quiso devolver el territorio a sus dos sedes primitivas y dividir así la diócesis. El obispo García se opuso, y Mauricio, obispo de Burgos, resolvió el litigio a favor de la unidad de la diócesis de Cuenca.
La elección de los obispos correspondía en principio al cabildo, pero el arzobispo de Toledo y los reyes de Castilla intervinieron con tanta frecuencia que las elecciones capitulares efectivas fueron escasas y se concentraron en la segunda mitad del siglo XIII. La vida eclesial se organizó mediante sínodos diocesanos: entre 1364 y 1493 se celebraron diecinueve, y mostraron una Iglesia diocesana activa y ordenada desde sus primeros siglos.
Edad Moderna: obispos de talla y seminario
Entre los siglos XV y XVIII ocuparon la sede conquense prelados de gran relieve:
- Lope de Barrientos (1445-1469), religioso dominico, consejero de la corona de Castilla.
- Sebastián Ramírez de Fuenleal (1542-1547), antiguo presidente de la Audiencia de Nueva España, que encargó el célebre arco de la catedral.
- Gaspar de Quiroga (1571-1577), inquisidor general, cardenal y después arzobispo de Toledo.
- Diego de Covarrubias y Leyva, el insigne jurista, nombrado en 1577 y fallecido a las pocas semanas.
- Rodrigo de Castro Osorio (1578-1581), cardenal, trasladado luego a Sevilla.
- Isidro Carvajal y Lancaster (1760-1771).,
En 1745 se fundó el Seminario Diocesano, dedicado a san Julián, que se ocupó de formar al clero conforme a las disposiciones del Concilio de Trento.
Siglo XIX: grandes prelados
Entre los pastores del siglo XIX destaca Miguel Payá y Rico (1858-1874), que participó en el Concilio Vaticano I y ocupó después la sede de Santiago de Compostela, donde recibió la púrpura cardenalicia.,
La persecución religiosa de 1936
El 18 de julio de 1936 estalló la guerra civil y con ella una persecución religiosa de extrema dureza en la provincia. El obispo Cruz Laplana y Laguna, que gobernaba la diócesis desde 1921, fue detenido y asesinado en Cuenca el 8 de agosto de 1936. Benedicto XVI lo declaró beato el 28 de octubre de 2007, en la ceremonia de beatificación de 498 mártires españoles.
Junto a él murieron más de un centenar de sacerdotes diocesanos, varios religiosos y religiosas y un gran número de laicos. Ardieron o se saquearon cientos de iglesias y conventos, con la pérdida de un patrimonio artístico de primer orden.
Seis misioneros redentoristas de Cuenca (Javier Gorosterratzu, Ciriaco Olarte, Miguel Goñi, Julián Pozo, Victoriano Calvo y Pedro Romero) sufrieron el martirio y fueron beatificados en 2013. Cada año la diócesis celebra la jornada por los mártires de Cuenca, en recuerdo de Joaquín María Ayala Astor y sus 87 compañeros.
Reorganización territorial desde 1949
El 2 de noviembre de 1949, la bula Inter praecipua de Pío XII creó la diócesis de Albacete con una parte del territorio de Cuenca.
Tras el acuerdo de 1953 entre la Santa Sede y el Estado español, que ajustó los límites diocesanos a las provincias civiles, la diócesis realizó nuevos reajustes en 1955. Cedió nueve parroquias a la archidiócesis de Toledo y el arciprestazgo de Sacedón a la diócesis de Sigüenza, y recibió la parroquia de Huélamo, que pertenecía a la diócesis de Teruel.
