Antecedentes de la sede de Huesca
La historia de Jaca como sede episcopal está inseparablemente relacionada con la antigua diócesis de Huesca. La existencia de un obispo oscense aparece documentada, al menos, en la Antigüedad tardía. La invasión musulmana y la conquista de Huesca en el siglo VIII alteraron profundamente la organización eclesiástica del territorio.
Tras la ocupación de Huesca, los obispos vinculados a la sede abandonaron la ciudad. La tradición histórica recuerda la existencia de obispos itinerantes o vinculados al territorio de Aragón, con residencia temporal en Jaca y en monasterios pirenaicos como San Juan de la Peña, San Pedro de Siresa y Sásabe. Aquella situación no constituyó todavía una diócesis jacetana plenamente independiente en el sentido moderno, pero preparó la futura centralidad religiosa de Jaca.
El concilio de Jaca de 1063
La reorganización decisiva tuvo lugar en el siglo XI, durante la expansión del reino de Aragón y la recuperación de territorios bajo dominio musulmán. Un concilio celebrado en Jaca en 1063 abordó la delimitación de la diócesis de Huesca y situó temporalmente la sede episcopal en Jaca.
El territorio asociado entonces a la sede comprendía un espacio mucho más amplio que la actual diócesis de Jaca. Incluía zonas que posteriormente formarían parte de las diócesis de Huesca y Barbastro-Monzón, además de territorios relacionados con la diócesis de Lérida. La asamblea jacetana reflejó, por tanto, una etapa de reorganización eclesiástica propia de la reconquista aragonesa, cuando las fronteras religiosas acompañaban a la recuperación de ciudades y comarcas.
La decisión del concilio necesitó confirmación pontificia y originó conflictos jurisdiccionales entre los obispos de Jaca, Huesca y Roda. La recuperación de Barbastro y, más tarde, la conquista de Huesca modificaron el equilibrio de poderes entre las sedes episcopales del Alto Aragón.
El retorno de la sede a Huesca
Después de la conquista cristiana de Huesca en 1096, la sede episcopal regresó a la ciudad oscense. La restauración de Huesca como centro episcopal no eliminó la importancia eclesiástica de Jaca. La ciudad conservó un cabildo propio y mantuvo una posición particular dentro de la organización de la Iglesia aragonesa.
Durante este periodo, Jaca funcionó como centro religioso de un amplio territorio pirenaico. La presencia de su cabildo y la vitalidad de sus iglesias muestran que la ciudad no quedó reducida a una simple dependencia administrativa de Huesca.
El cabildo catedralicio jacetano siguió inicialmente la Regla de san Agustín. En 1270, tanto el cabildo de Jaca como el de Huesca adoptaron la forma de cabildos seculares, es decir, dejaron de organizarse como comunidades regulares sujetas a una regla monástica.
Restauración de la diócesis en el siglo XVI
La diócesis de Jaca recuperó su plena independencia en el siglo XVI. El papa Pío V la erigió nuevamente como diócesis mediante una bula de 18 de julio de 1571. La aplicación efectiva de la decisión tuvo lugar el 26 de febrero de 1572.
La nueva diócesis quedó como sufragánea de la archidiócesis de Zaragoza. Su primer obispo fue Pedro del Frago, que inauguró la sucesión episcopal propia de la diócesis moderna. La restauración respondió a la reorganización general de las diócesis españolas posterior al Concilio de Trento y a la necesidad de reforzar la atención pastoral en territorios extensos y de difícil comunicación.
Una estadística eclesiástica de comienzos del siglo XX describía la diócesis como una circunscripción extendida por zonas de las provincias de Huesca y Zaragoza y por algunos territorios vinculados históricamente a Navarra. Aquella descripción refleja la complejidad de los límites eclesiásticos tradicionales, que no siempre coincidían con las fronteras civiles de cada momento.