El Evangelio de San Juan se organiza en cuatro secciones principales:
El prólogo (Juan 1:1-18)1 introduce la doctrina de la encarnación del Verbo Eterno, sirviendo como un resumen conciso de todo el evangelio1,2,3. Aquí se establece que el Verbo estaba con Dios y era Dios, y que todas las cosas fueron hechas por Él2,3,4,5,6. Este Verbo, que es vida y luz para la humanidad, vino al mundo, pero el mundo no lo reconoció7,8,4.
La primera parte (Juan 1:19-12:50)1 relata la vida pública de Jesús desde su bautismo hasta la víspera de su Pasión1. En esta sección, Juan el Bautista testifica sobre Jesús como el Cordero de Dios2,3. Jesús realiza milagros y pronuncia discursos que revelan su identidad divina, como cuando se declara «el camino, la verdad y la vida» (Juan 14:6)9,10. También se destaca que quien cree en Jesús, cree en Aquel que lo envió, y quien ve a Jesús, ve al Padre (Juan 12:44-45)11.
La segunda parte (Juan 13-21:23)1 narra la historia de la Pasión y Resurrección del Salvador1. Incluye la Última Cena, los discursos de despedida de Jesús a sus discípulos (Juan 14-17)9,12,13, su arresto, juicio, crucifixión y resurrección1. En estos discursos, Jesús promete el envío del Paráclito, el Espíritu Santo, quien enseñará y recordará todo lo que Él ha dicho9,12. Jesús también ora por la unidad de sus discípulos, «para que sean uno, así como nosotros somos uno» (Juan 17:11)13.
Un epílogo breve (Juan 21:23-25)1 hace referencia a la gran cantidad de palabras y obras del Salvador que no están registradas en el evangelio1.
El evangelista muestra un cuidado especial en determinar la cronología exacta de los eventos1.

