El Caribe
La evangelización comenzó en las islas del Caribe, especialmente en La Española, Cuba y Puerto Rico. Las primeras comunidades cristianas padecieron la inestabilidad de la conquista, la rápida disminución de la población indígena, la explotación laboral y la falta de estructuras pastorales permanentes.
Los dominicos llegaron a La Española en 1510 y pronto denunciaron los abusos cometidos contra los indígenas. El sermón pronunciado por fray Antonio de Montesinos en 1511 inauguró una de las grandes controversias americanas sobre la legitimidad de la conquista y el trato debido a los pueblos originarios. La predicación dominica obligó a la Corona y a los teólogos a examinar la relación entre evangelización, autoridad política y derechos humanos.
La temprana evangelización antillana quedó gravemente debilitada por las epidemias, la violencia, la encomienda y el colapso demográfico indígena. El Caribe fue también uno de los principales escenarios de la introducción de africanos esclavizados, cuya atención pastoral formó parte, desde entonces, de la misión de la Iglesia en América.
Nueva España
La conquista de México en 1521 abrió una nueva fase. En 1524 llegaron los doce franciscanos enviados para iniciar una evangelización organizada. Más tarde se incorporaron dominicos, agustinos y, en el siglo XVI, jesuitas.
Los franciscanos fundaron conventos, escuelas y centros de catequesis. Destacaron por su trabajo lingüístico y por la creación de doctrinas destinadas a instruir a los indígenas. Los dominicos desarrollaron una intensa actividad en defensa de los pueblos originarios y participaron en la formación teológica y jurídica del debate sobre la conquista. Los agustinos establecieron misiones en regiones extensas y levantaron conventos que funcionaron como centros de culto, educación y organización comunitaria.
Fray Bernardino de Sahagún estudió la lengua y la cultura nahuas para comprender el universo religioso indígena y preparar una catequesis más eficaz. Su labor muestra tanto una actitud de investigación cultural extraordinaria para su tiempo como los límites de una empresa cuyo objetivo último consistía en sustituir los cultos precristianos por la fe católica. Los Coloquios y otros instrumentos pastorales testimonian el esfuerzo por dialogar con las autoridades religiosas indígenas y explicar la doctrina cristiana en categorías comprensibles para ellas.
Fray Vasco de Quiroga, primero obispo de Michoacán, promovió pueblos-hospitales y formas comunitarias de protección para los indígenas. Fray Juan de Zumárraga, primer obispo de México, impulsó la instrucción cristiana, la fundación de instituciones educativas y la organización de la nueva diócesis.
América Central y Nueva Granada
En Guatemala, Nicaragua, Panamá y Nueva Granada, la evangelización avanzó mediante conventos, parroquias, doctrinas y misiones de frontera. Los religiosos aprendieron lenguas locales y produjeron vocabularios, gramáticas, catecismos y confesionarios.
La diversidad política de la región dificultó la creación de estructuras uniformes. Algunos pueblos mantenían sistemas políticos centralizados; otros vivían en comunidades dispersas o practicaban formas de movilidad que hacían difícil establecer parroquias permanentes. La evangelización tuvo que combinar centros urbanos, pueblos de indios, haciendas, reducciones y misiones itinerantes.
Los concilios y sínodos regionales regularon cuestiones sacramentales, matrimoniales y catequéticas. La legislación conciliar novogranadina trató, entre otros asuntos, la celebración del matrimonio y la disciplina pastoral. Las juntas eclesiásticas de México, celebradas antes de la creación de las primeras provincias eclesiásticas americanas, pertenecen a esta etapa de organización inicial, entre 1524 y 1546.
Perú y el área andina
La conquista del Imperio inca produjo una profunda crisis política y social. La evangelización en Perú tuvo que afrontar la complejidad de las estructuras andinas, la persistencia de santuarios locales, la diversidad lingüística y la violencia de las guerras civiles entre los conquistadores.
Los dominicos llegaron con Francisco Pizarro y participaron desde los primeros años en la atención pastoral y en la denuncia de injusticias. Posteriormente, mercedarios, franciscanos, agustinos y jesuitas extendieron la misión hacia las zonas rurales y las fronteras amazónicas.
El III Concilio Limense, celebrado entre 1582 y 1583 bajo la dirección del arzobispo santo Toribio de Mogrovejo, organizó la vida eclesial del virreinato peruano. El concilio promovió la catequesis en quechua y aimara, estableció normas para la administración de los sacramentos y exigió una mejor preparación del clero. Sus disposiciones influyeron profundamente en la pastoral andina durante los siglos posteriores.
Santo Toribio visitó extensamente su archidiócesis, confirmó a numerosos fieles y procuró corregir abusos de clérigos y autoridades. Su figura representa el esfuerzo episcopal por consolidar una Iglesia diocesana que no dependiera exclusivamente de las órdenes religiosas.