La misión católica en Japón nació dentro de la expansión misionera portuguesa en Asia. San Francisco Javier, jesuita navarro y nuncio apostólico en Oriente, recibió noticias sobre Japón a través de comerciantes portugueses y de un japonés llamado Anjirō, bautizado en Goa con el nombre de Pablo de Santa Fe. El encuentro despertó en Javier el deseo de anunciar el Evangelio en aquel país.1
Francisco Javier partió hacia Japón en 1549 acompañado por el jesuita Cosme de Torres, el hermano Juan Fernández, Pablo de Santa Fe y otros colaboradores. El grupo desembarcó en Kagoshima, en la isla de Kyūshū, el 15 de agosto de 1549. La fecha coincidía con la solemnidad de la Asunción de la Virgen María, circunstancia que la tradición católica japonesa ha considerado simbólicamente significativa.1
Javier permaneció aproximadamente un año en Kagoshima. Durante ese periodo dedicó gran parte de su esfuerzo al aprendizaje de la lengua japonesa y a la preparación de textos elementales para la catequesis. Después visitó Hirado, Yamaguchi, Funai y Miyako -la actual Kioto-, procurando entrar en contacto tanto con la población como con las autoridades locales.1
La misión inicial produjo frutos modestos, pero permitió establecer las primeras comunidades cristianas y descubrir las características religiosas, sociales y políticas del país. Francisco Javier abandonó Japón en 1551, dejando la misión bajo la responsabilidad de Cosme de Torres y Juan Fernández. En el momento de su partida existía ya un núcleo de cristianos que posteriormente creció con rapidez.1
