Nombramiento como Inquisidor General
En 1483, a petición de los Reyes Católicos, el Papa Sixto IV nombró a Torquemada Gran Inquisidor de Castilla, extendiendo su jurisdicción a Aragón en 1484. Su nombramiento marcó el inicio de una fase de centralización y expansión del aparato inquisitorial en la Península Ibérica.
Organización del tribunal inquisitorial
Torquemada estructuró la Inquisición creando tribunales en ciudades clave como Valladolid, Sevilla, Jaén, Ávila, Córdoba y Villa‑Real, y estableció un Alto Consejo de cinco miembros para asistirlo en la tramitación de recursos. Además, convocó una asamblea general de inquisidores en Sevilla (29 de noviembre de 1484) donde presentó un esquema de veintiocho artículos que sirvieron de guía para la actuación de los tribunales locales,.
Políticas y medidas
Entre sus iniciativas más destacadas estuvo la amnistía de 1484, que buscaba reconciliar a los conversos (marranos y moriscos) mediante la clemencia, aunque también persiguió a los que persistían en la práctica clandestina de sus antiguas religiones. Torquemada utilizó la autoridad papal para delegar facultades a inquisidores regionales, garantizando la uniformidad de la persecución herética en todo el reino.