La encíclica Humani Generis identificó y condenó varias tendencias y opiniones que consideraba erróneas o peligrosas.
Evolución y Origen del Hombre
Uno de los puntos más destacados de la encíclica es su postura sobre la teoría de la evolución. Pío XII reconoció que la investigación y el debate sobre el origen del cuerpo humano a partir de materia preexistente y viviente no estaban prohibidos por la Iglesia, siempre que se realizara con seriedad, moderación y cautela. Sin embargo, la fe católica obliga a sostener que las almas son creadas inmediatamente por Dios.
La encíclica criticó a aquellos que, imprudente e indiscretamente, sostenían que la evolución, aún no completamente probada en el ámbito de las ciencias naturales, explicaba el origen de todas las cosas. También censuró las opiniones monistas y panteístas que afirmaban que el mundo está en continua evolución, señalando que los comunistas se adherían a estas ideas para privar a los hombres de la noción de un Dios personal y propagar el materialismo dialéctico. Se advirtió contra la presentación de la evolución del cuerpo humano como un hecho ya completamente cierto y probado, sin la debida consideración de las fuentes de la revelación divina.
Interpretación de la Sagrada Escritura
Otro error abordado fue la interpretación demasiado libre de los libros históricos del Antiguo Testamento. Algunos, para defender sus posturas, se apoyaban erróneamente en una carta de la Pontificia Comisión Bíblica al Arzobispo de París. La encíclica aclaró que los primeros once capítulos del Génesis, aunque no se ajustan a los métodos históricos modernos, pertenecen a la historia en un sentido verdadero. Estos capítulos, con un lenguaje sencillo y metafórico adaptado a una cultura menos desarrollada, exponen verdades fundamentales para la salvación y describen popularmente el origen de la raza humana y del pueblo elegido. Pío XII enfatizó que, si bien los antiguos escritores sagrados pudieron haber tomado elementos de narraciones populares, lo hicieron bajo la inspiración divina, lo que los preservó de cualquier error al seleccionar y evaluar dichos documentos.
Filosofía y Dogma
La encíclica también dedicó una sección importante a la relación entre la filosofía y la teología. Pío XII lamentó que algunas opiniones nuevas pusieran en peligro la teodicea y la ética, al sostener que estas ciencias no debían probar con certeza nada sobre Dios o el ser trascendente, sino solo mostrar que las verdades de fe son consistentes con las necesidades de la vida. Estas ideas fueron consideradas contrarias a los documentos de Papas anteriores como León XIII y Pío X, y a los decretos del Concilio Vaticano I.
Se reafirmó la importancia de la filosofía perenne, especialmente la escolástica, como una preparación necesaria para el estudio de la teología. Aunque se reconoció que la terminología filosófica podía ser perfeccionada, se advirtió contra el desprecio de la doctrina comúnmente enseñada y de los términos en que se expresa, ya que esto favorecía el relativismo dogmático. La verdad y su expresión filosófica no pueden cambiar de un día para otro, especialmente en lo que respecta a principios evidentes o proposiciones apoyadas por la sabiduría de los siglos y la revelación divina.
Gratuidad del Orden Sobrenatural
Un punto de particular controversia fue la cuestión de la gratuidad del orden sobrenatural. La encíclica condenó a aquellos que «corrompen la verdadera gratuidad del orden sobrenatural, al afirmar que Dios no puede crear seres dotados de intelecto sin ordenarlos y llamarlos a la visión beatífica». Esta condena se dirigía a ciertas interpretaciones que sugerían que la naturaleza humana, por el hecho de poseer intelecto, tendría una exigencia necesaria de la visión de Dios, lo que comprometía la idea de la gracia como un don completamente libre y no debido a la naturaleza,.
En este contexto, se ha debatido si la encíclica condenó directamente la posición de teólogos como Henri de Lubac sobre el «deseo natural de un fin sobrenatural»,. Si bien de Lubac fue ampliamente interpretado como el objeto de esta condena, él mismo lo negó. La encíclica condenó la postura de que el hombre, en cualquier hipótesis en la que esté dotado de intelecto, debe ser ordenado y llamado a la visión beatífica, una posición que algunos teólogos anteriores como Marcelli sostenían de manera estricta,. De Lubac, en sus obras más cercanas a la promulgación de Humani Generis, ya había adoptado una posición que reconocía la posibilidad de un estado en el que el hombre, dotado de intelecto, no fuera llamado ni ordenado a la visión de Dios, lo que le permitía distanciarse de la condena directa,.
Otros Errores
La encíclica también mencionó otras opiniones erróneas, como la negación de la identidad entre el Cuerpo Místico de Cristo y la Iglesia Católica Romana, la trivialización de la necesidad de pertenecer a la Iglesia para la salvación eterna, y el menoscabo del carácter razonable de la credibilidad de la fe cristiana.