La trayectoria histórica del tribunal no fue uniforme. Una periodización ampliamente utilizada distingue seis etapas.
Fundación: 1478-1517
La etapa fundacional comenzó con la creación de la Inquisición española y la organización de sus primeros tribunales. Este periodo estuvo marcado por la preocupación por la ortodoxia religiosa, la integración política de los territorios y la identificación entre unidad confesional y estabilidad de la monarquía.
La actividad represiva fue especialmente intensa en los primeros decenios, cuando el tribunal estableció sus procedimientos, amplió su presencia territorial y actuó contra grupos sospechosos de mantener prácticas religiosas consideradas heterodoxas.
Consolidación: 1517-1569
Durante la consolidación, la Inquisición perfeccionó su organización y fortaleció su estructura central. El Consejo Supremo coordinó los tribunales, supervisó las causas y concentró la dirección general del sistema.
La institución amplió su radio de actuación hacia nuevas formas de disidencia religiosa y cultural. La censura de libros, la vigilancia de ideas reformadas y el control de determinadas conductas contribuyeron a convertirla en un instrumento relevante de disciplina social.
Apogeo: 1569-1621
La etapa de apogeo coincidió con la máxima consolidación institucional y con una intensa defensa de la unidad católica. La actividad inquisitorial afectó a la herejía, la censura, ciertas prácticas religiosas, la conducta moral y otros delitos atribuidos a la jurisdicción del tribunal.
Este periodo representa la fase de mayor poder y visibilidad del Santo Oficio. La imagen posterior de una Inquisición omnipresente procede en buena medida de la proyección de esta etapa sobre toda la historia del tribunal.
Crisis: 1621-1700
Durante los siglos XVII y XVIII, la institución entró en una etapa de crisis. Las transformaciones políticas y económicas de la monarquía, el debilitamiento de ciertos mecanismos de control y la competencia de otras jurisdicciones redujeron su eficacia.
La Inquisición mantuvo autoridad y capacidad represiva, pero ya no actuó con la misma fuerza que durante su apogeo. La distancia entre su prestigio simbólico y su poder efectivo aumentó progresivamente.
Declive borbónico: 1700-1808
La llegada de los Borbones impulsó reformas administrativas y políticas que limitaron la autonomía y el peso del tribunal. La Inquisición quedó sometida a mayores controles y perdió influencia en la vida pública.
Durante el reinado de Carlos III, la Corona no suprimió el Santo Oficio, pero redujo sus atribuciones y restringió su poder. A comienzos del siglo XIX, el tribunal conservaba una existencia formal, aunque su autoridad resultaba muy inferior a la de las épocas anteriores.
Abolición: 1808-1834
José Bonaparte abolió la Inquisición en 1808. Las Cortes de Cádiz decretaron también su supresión en 1812, después de intensos debates entre liberales y defensores del tribunal. Fernando VII la restauró en 1814, pero las Cortes del Trienio Constitucional volvieron a extinguirla en 1820. La abolición definitiva llegó mediante decreto de 15 de julio de 1834.
La desaparición del tribunal no produjo automáticamente la prosperidad que esperaban sus adversarios ni la catástrofe que temían sus defensores. Este desenlace debilitó las interpretaciones políticas que habían atribuido a la Inquisición todos los males o todos los bienes de la historia española.