El martirio de 1597 no fue un episodio aislado. Durante algunos años hubo periodos de relativa calma, pero la persecución volvió a recrudecerse a comienzos del siglo XVII. En 1614, el shogun Tokugawa Ieyasu promulgó un edicto contra el catolicismo; sus sucesores mantuvieron la represión. Las autoridades expulsaron a misioneros, destruyeron iglesias y sometieron a los cristianos a presiones y castigos.,
La persecución produjo nuevos mártires durante décadas. En 1622, Nagasaki fue escenario de una ejecución colectiva conocida como el «gran martirio». La represión continuó en distintos lugares de Japón, aunque las cifras exactas de víctimas no quedaron establecidas. En 1629, las autoridades introdujeron la práctica de obligar a los sospechosos de cristianismo a pisar imágenes religiosas, como prueba pública de renuncia a la fe.,
La presión oficial también afectó a los cristianos que no podían recibir la asistencia de sacerdotes. En algunas comunidades, los fieles mantuvieron la oración y transmitieron las prácticas religiosas en el ámbito doméstico, afrontando el riesgo de persecución. La tenacidad de estos grupos permitió que sobrevivieran comunidades cristianas clandestinas durante el largo aislamiento del país.,
La Iglesia oculta y los Kakure Kirishitan
La expresión japonesa Kakure Kirishitan designa a los «cristianos ocultos»: comunidades que conservaron elementos de la fe cristiana durante los siglos en que la Iglesia católica sufrió prohibiciones y persecución. Su importancia reside en que mantuvieron una continuidad cristiana local cuando los misioneros y la vida eclesial pública quedaron prácticamente excluidos de Japón.,
La persistencia de aquellas comunidades quedó patente en Nagasaki en 1865. Al establecer allí una iglesia católica tras la reapertura del país a los misioneros, el padre Petitjean encontró un numeroso grupo de cristianos. Después, dedicó sus esfuerzos a acompañar a los descendientes de las antiguas comunidades y a organizar de nuevo la vida eclesial en Japón.
La supervivencia de la Iglesia oculta pone de relieve el papel de los laicos japoneses. En ausencia de una presencia sacerdotal estable, la transmisión familiar y comunitaria de la fe permitió preservar una identidad cristiana local. Así, la historia de los veintiséis mártires forma parte de un relato más amplio: el de una Iglesia sostenida tanto por misioneros extranjeros como por creyentes japoneses que conservaron y transmitieron el Evangelio en condiciones extremas.,