La relación entre María de Betania y María Magdalena constituye una cuestión tradicional y exegética compleja. Los Evangelios presentan a María Magdalena como una discípula de la que Jesús expulsó siete demonios y que estuvo presente en la pasión, en la sepultura y en el anuncio de la resurrección. La identificación de ambas Marías procede de una antigua tradición occidental que leyó conjuntamente varios relatos evangélicos.
La identificación también afecta a la mujer pecadora que, en el Evangelio según san Lucas, ungió los pies de Jesús, los regó con sus lágrimas y los secó con sus cabellos. Algunos Padres, entre ellos san Jerónimo y san Juan Crisóstomo, distinguieron a esa mujer de María de Betania. Según esa interpretación, los Evangelios hablan de dos o incluso de tres mujeres diferentes.
Otros autores antiguos, como san Agustín y san Gregorio Magno, defendieron la identificación. Según esta lectura, una primera unción habría tenido lugar al comienzo de la conversión de la mujer pecadora, mientras que otra habría ocurrido en Betania poco antes de la pasión. Santo Tomás de Aquino expone ambas posiciones y recoge la interpretación que considera a las mujeres como la misma persona.
La cuestión también depende de la comparación entre los relatos evangélicos. Lucas narra la unción de una mujer pecadora durante el ministerio público de Jesús. Juan describe a María de Betania ungiendo los pies del Señor antes de la pasión. Mateo y Marcos hablan de una mujer que unge la cabeza de Jesús en casa de Simón el leproso. Algunos comentaristas armonizaron estos relatos como episodios realizados por la misma mujer; otros mantuvieron la distinción entre los personajes y las escenas.
La tradición latina terminó vinculando estrechamente a María de Betania con María Magdalena. Sin embargo, los textos evangélicos presentan directamente a María de Betania como hermana de Marta y Lázaro, mientras que el apelativo «Magdalena» relaciona a la otra María con Magdala. Por ello, conviene distinguir entre el dato explícito de cada Evangelio y la interpretación tradicional que los integra.