El episodio de Asís de 1645
Uno de los relatos más conocidos sitúa el episodio en Asís, en 1645. El almirante de Castilla, embajador español ante la corte pontificia, visitó a José en su celda y, al regresar junto a su esposa, habló de él con admiración. La esposa manifestó su deseo de conocerlo. El guardián del convento ordenó entonces a José que bajara a la iglesia para hablar con ella.
Según la narración biográfica, al entrar en la iglesia José fijó la mirada en una imagen de la Inmaculada situada sobre un altar. En ese momento se elevó y recorrió por el aire unos doce pasos por encima de las personas presentes hasta llegar al pie de la imagen. Después regresó a su celda. Butler recoge que dos biografías respaldaban el relato con referencias a declaraciones de testigos del proceso de canonización.
Los episodios de Osimo
José pasó sus últimos años en Osimo, adonde llegó en 1656 por decisión de Alejandro VII. Allí permaneció hasta su muerte, en 1663.
Las crónicas recogidas por Butler describen episodios en los que frailes de la comunidad lo habrían visto elevarse varios pies hacia una imagen del Niño Jesús colocada sobre un altar. Algunos relatos añaden que sostuvo la figura de cera y que se desplazó con ella por su celda. También cuentan que, en una ocasión, otro fraile quedó levantado junto con él y fue transportado cierta distancia por la habitación.
Otro episodio tuvo lugar durante la última misa que celebró, en la fiesta de la Asunción de 1663, aproximadamente un mes antes de su muerte. La narración afirma que experimentó una elevación prolongada durante un arrobamiento. Butler atribuye especial valor a los testimonios de personas que declararon bajo juramento pocos años después de estos sucesos, aunque esa valoración histórica no equivale a una explicación física del fenómeno.
Los relatos de la cruz en Grottella
Entre los episodios más espectaculares figura un relato situado en el convento de Grottella. Según la tradición recogida por Butler, José habría volado hasta una cruz de gran tamaño que los frailes no conseguían levantar y la habría colocado en su sitio. El propio Butler advierte que este relato carece de testimonio ocular y que los primeros prodigios, registrados después de la muerte del santo, podían haber sufrido exageraciones o transformaciones legendarias.