Los milagros de San Martín de Porres, relatados por testigos oculares como el hermano Fernando de Aragones, se centraron en su ministerio caritativo. Estos prodigios no eran exhibiciones, sino frutos de su oración eucarística prolongada, que lo unía al Cristo crucificado.
Multiplicación de alimentos y limosnas
Uno de los milagros más célebres fue la multiplicación milagrosa de las limosnas diarias del convento. San Martín distribuía comida a los pobres de Lima, y en ocasiones de escasez, los alimentos se multiplicaban sobrenaturalmente para alimentar a cientos. Testigos afirmaron que, gracias a su oración, el pan y la sopa aumentaban inexplicablemente, permitiendo atender a huérfanos, esclavos y mendigos.
Juan Vázquez Parra, su protegido, describió cómo San Martín gestionaba recursos con meticulosidad divina: recolectaba donativos, compraba víveres y, cuando faltaba, intervenía la providencia.
Curaciones y cuidado de enfermos
Como enfermero del convento y de la ciudad, San Martín realizó curaciones prodigiosas. Atendía a nobles y esclavos por igual, usando remedios naturales combinados con oración. Se cuenta que salvó vidas en epidemias, restaurando la salud de moribundos mediante imposiciones de manos y súplicas a Dios.,
Su habilidad como barbero-cirujano, aprendida en juventud, se potenciaba con gracia divina, curando heridas graves y enfermedades incurables.
Bilocación y dones sobrenaturales
San Martín experimentó bilocaciones, apareciendo simultáneamente en lugares distintos. Deseaba martirio en misiones extranjeras, pero Dios le concedió «martirizar su cuerpo» con penitencias. Relatos incluyen vuelos aéreos y comunicación con animales: excusaba a ratones y ratas por hambre, alimentándolos, y mantenía un refugio para gatos y perros en casa de su hermana.,
Estos fenómenos asombraron a los españoles, acostumbrados a prejuicios raciales, pero confirmaron su santidad.
Caridad hacia animales y esclavos
Su amor abarcó a esclavos africanos traídos a Perú, a quienes cuidaba con ternura materna. Fundó orfanatos y hospitales, multiplicando recursos para ellos. Un noble, Don Balthasar Carasco, quiso adoptarlo espiritualmente, respondiendo San Martín con humildad: «Soy solo un pobre mulato».