El hallazgo en el mar
La noticia más antigua procede de los escritos del barón bohemio León de Rosmithal de Blatna, redactados entre 1465 y 1467, y de su acompañante Gabriel Tetzel. Rosmithal refiere que unos marineros españoles hallaron un galeón que llevaba la imagen, encerrada en una caja embreada, junto a unas tablas que pedían recibirla con magnificencia en cualquier lugar donde las olas la dejasen. Tetzel añade piratas, una tempestad y un ermitaño que aconsejó acudir al obispo de Burgos.
En 1473, durante el capítulo general de los agustinos celebrado en Mantua, los procuradores burgaleses relataron la versión que se impuso después. Un mercader de Burgos, devoto de los agustinos, halló en el mar, a la vuelta de Flandes, un cajón en forma de ataúd con una caja de vidrio y dentro el crucifijo. Lo entregó a los frailes y, según el relato, las campanas se tocaron por sí solas al llegar.
Los autores posteriores, casi todos agustinos, añadieron detalles: una tempestad de dos o tres días y, en el siglo XVIII, el desembarco en Santander. La tradición nombra al mercader como Pedro Ruiz de Minguijuán.
La atribución a Nicodemo
Una tradición antigua atribuye la talla a Nicodemo, el discípulo que ayudó a bajar a Cristo de la cruz y a sepultarlo. Loviano recoge en el siglo XVIII la tradición inmemorial del convento según la cual acompañaba a la imagen una escritura antigua que afirmaba esta autoría. Antonio Ponz, en cambio, adopta una actitud crítica ante las muchas imágenes que se atribuyen a Nicodemo.
Loviano vincula además el origen de la imagen con una leyenda de Beirut: una efigie de Cristo ultrajada en un acto sacrílego, de cuyo costado habrían brotado sangre y agua. Varesio atribuye la obra a Nicodemo, pero no recoge esta historia.
El traslado frustrado a la catedral
Según la tradición recogida por Flórez y por Loviano, cuando el obispo y el clero quisieron llevar la imagen a la catedral por la pobreza del convento, la colocaron en la urna del hallazgo sobre una acémila con los ojos vendados, para que fuera adonde Dios dispusiera. El animal llegó hasta Gamonal, volvió al convento de San Agustín y se detuvo en el claustro.
En un segundo intento, tras tres procesiones de rogativas, se procedió al traslado el cuarto día. Esa noche, mientras los ermitaños rezaban maitines, sonaron de nuevo las campanas y las puertas se abrieron solas para dar paso a la escultura. Los burgaleses ayunaron a pan y agua y fueron en procesión, con el obispo descalzo, a pedir perdón por su atrevimiento.
Otras tradiciones
El Libro de los Miraglos cuenta que Pedro Girón, herido en la guerra de Granada y en peligro de muerte, sanó al encomendarse al Santo Cristo y le ofreció una corona de oro. Al colocarla sobre la cabeza de la imagen, la corona que esta llevaba antes volvió a su lugar al día siguiente y la de oro apareció a los pies.
Otra tradición explica la falta de un dedo del pie derecho por la devoción de un señor francés que lo arrancó con la boca al besar los pies; los huevos de avestruz habrían servido para ocultar la ausencia. Según la tradición recogida por Flórez, Isabel la Católica quiso llevarse un clavo como reliquia; al quitarlo, el brazo de la imagen cayó como el de un difunto y la reina quedó desmayada durante horas.