San Francisco Javier decidió viajar al Japón después de conocer a un japonés llamado Anjirō -bautizado en Goa como Pablo de Santa Fe-, quien le proporcionó información sobre el país. Xavier partió de Malaca en 1549 acompañado por el sacerdote Cosme de Torres, el hermano Juan Fernández y Anjirō. El grupo llegó a Kagoshima el 15 de agosto de aquel año.1
La primera etapa exigió aprender la lengua y preparar materiales de catequesis. Xavier y sus compañeros dedicaron cerca de un año al estudio del japonés y a la traducción de exposiciones elementales de la fe cristiana. Después, el misionero predicó en Kagoshima y en otras localidades del sur. En 1550 se dirigió hacia el centro del país y visitó Meaco, la actual Kioto, aunque las luchas políticas y la inestabilidad de la ciudad dificultaron su labor.1
La experiencia llevó a Xavier a adaptar su forma de presentarse ante los gobernantes. En Yamaguchi, tras una primera recepción poco favorable, acudió con una indumentaria más cuidada, cartas y regalos, y solicitó autorización para predicar. El daimio -señor territorial japonés- le permitió enseñar y le facilitó un antiguo monasterio budista como residencia. La misión combinó, por tanto, la predicación directa con la búsqueda de protección local, una estrategia que podía abrir oportunidades, pero que dependía de la voluntad cambiante de cada autoridad.2
Antes de marcharse en 1551, Xavier dejó la misión a cargo de Cosme de Torres y Juan Fernández. Las comunidades fundadas entonces constituyeron el núcleo de una expansión posterior. Xavier expresó su admiración por la población japonesa en estos términos: «entre todos los infieles no se encontrará un pueblo más excelente que el japonés». La frase refleja la impresión favorable que le causaron sus habitantes, aunque la evolución de la misión pronto mostró la complejidad de las relaciones entre la fe cristiana, las autoridades y las tradiciones locales.2

