Pietro Ottoboni fue elegido Papa el 6 de octubre de 1689, sucediendo al Papa Inocencio XI,. Eligió el nombre de Alejandro VIII en agradecimiento al Cardenal Flavio Chigi, sobrino del Papa Alejandro VII, quien había apoyado su candidatura. Fue coronado el 16 de octubre de 1689.
Relaciones con Francia y el galicanismo
El embajador del rey Luis XIV de Francia jugó un papel en la elección de Alejandro VIII. A pesar de esto, y tras meses de negociaciones, Alejandro VIII condenó la declaración de 1682 del clero francés sobre las libertades de la Iglesia galicana el 4 de agosto de 1690, declarándola nula e inválida. Aunque su pontificado fue breve, la posición política de Luis XIV se volvió crítica, lo que llevó al rey a devolver Aviñón a la Santa Sede y a renunciar al derecho de asilo para la embajada francesa, que había sido objeto de abusos.
Nepotismo y finanzas
Alejandro VIII es conocido por haber revertido muchas de las políticas de su predecesor, Inocencio XI, al indulgir en el nepotismo para enriquecer a su familia. Este nepotismo agotó el tesoro papal, lo que obligaría a su sucesor, Inocencio XII, a implementar medidas austeras para restaurar las arcas papales. Entre los nombramientos, su sobrino nieto Pietro, de 22 años, fue nombrado cardenal y vicecanciller de la Iglesia. Su sobrino Marco fue nombrado inspector de fortificaciones navales y duque de Fiano, y su sobrino Antonio fue hecho general de la Iglesia. Su sobrino Giambattista Rubini fue nombrado Cardenal Secretario de Estado y obispo de Vicenza.
A pesar de su generosidad con sus familiares, Alejandro VIII también mostró compasión por los pobres de los Estados Pontificios, buscando ayudarlos mediante la reducción de impuestos. Sin embargo, esta misma generosidad, junto con su enfoque en grandes iniciativas de caridad y la Gran Guerra Turca, rápidamente agotó los fondos papales que Inocencio XI había sido tan cuidadoso en acumular y salvaguardar.
Reformas y condenas doctrinales
Durante su pontificado, Alejandro VIII estableció el 29 de noviembre de 1690 que no se podían gastar más de diez mil ducados en el funeral de un Papa, y prohibió que los enseres del cónclave fueran despojados para la venta. El 30 de marzo de 1690, confirmó los derechos de los neófitos en el sudeste asiático mediante el breve papal Animarum salutes.
También condenó las doctrinas del llamado «pecado filosófico» que se enseñaba en las escuelas jesuitas el 24 de agosto de 1690.
Beatificaciones y canonizaciones
Alejandro VIII confirmó el culto de Kinga de Polonia el 11 de junio de 1690, lo que sirvió como su beatificación. El 16 de octubre de 1690, canonizó a varios santos: San Pascual Baylón, San Lorenzo Giustiniani, San Juan de Sahagún, San Juan de Dios y San Juan de Capistrano.
Consistorios
El Papa creó 14 cardenales en tres consistorios, incluyendo a su sobrino nieto Pietro Ottoboni, lo que marcó un regreso al nepotismo. Entre los nombrados se encontraba Gianfrancesco Albani, quien más tarde se convertiría en el Papa Clemente XI. También nombró cardenal a Toussaint de Forbin-Janson en 1690, a pesar de que su predecesor se había negado a hacerlo debido al apoyo de Forbin-Janson a las propuestas galicanas. Esta decisión, junto con el nombramiento de otros dos cardenales franceses, buscaba mejorar las tensas relaciones con Luis XIV.