Nacido como Teofilacto III, Benedicto IX fue sobrino de sus dos predecesores inmediatos, Benedicto VIII y Juan XIX¹. Su padre, Alberico, lo colocó en la Sede de Pedro en octubre de 1032, cuando era un joven, posiblemente de unos veinte años, aunque algunas fuentes afirman que tenía tan solo doce¹. Este ascenso al papado a una edad temprana, impulsado por la influencia familiar, lo convierte en el Papa más joven de la historia^2,3.

Durante su primer período, Benedicto IX celebró algunos sínodos en Roma y concedió privilegios a varias iglesias y monasterios. Un acto notable fue su insistencia en que Bretislav, Duque de Bohemia, fundara un monasterio como penitencia por haber robado el cuerpo de San Adalberto de Polonia¹. En 1037, viajó al norte para encontrarse con el Emperador Conrado y excomulgó a Heriberto, Arzobispo de Milán, con quien mantenía una enemistad¹.

Sin embargo, su pontificado estuvo marcado por un estilo de vida disoluto y acusaciones de inmoralidad y corrupción, lo que le valió una reputación notoria^4,2,3,5. En 1044, las facciones en la ciudad de Roma lo expulsaron en medio de un gran desorden, y se eligió un antipapa, Silvestre III¹.

Benedicto IX logró expulsar a Silvestre III ese mismo año. Sin embargo, en un acto que ha sido descrito como «escandaloso» y que «empañó aún más la imagen del papado», renunció a su cargo, supuestamente para casarse con su prima^1,4,2,3. Vendió el papado al arcipreste Juan Gracián por una considerable suma de dinero^1,5. Juan Gracián fue entonces elegido Papa, tomando el nombre de Gregorio VI¹.

Este acto de venta del papado, conocido como simonía, fue una de las características más infames de su pontificado y un reflejo de la profunda corrupción que afectaba a la Iglesia en ese período⁵.

Arrepentido de su acuerdo, Benedicto IX intentó deponer a Gregorio VI, lo que llevó a la intervención del Rey Enrique III¹. En el Concilio de Sutri en 1046, Benedicto, Silvestre y Gregorio fueron depuestos, y un obispo alemán, Suidger, fue nombrado Papa Clemente II¹.

Tras la rápida muerte de Clemente II, Benedicto IX volvió a tomar Roma en noviembre de 1047^1,3. Este fue su tercer y último período como Papa. Sin embargo, fue nuevamente expulsado para dar paso a un segundo Papa alemán, Dámaso II, en noviembre de 1048¹.

El final de Benedicto IX es incierto. Algunos autores sugieren que pudo haber continuado intentando recuperar el papado incluso después de la muerte de San León IX¹. Sin embargo, la tradición de la Abadía de Grottaferrata, registrada por el abad Lucas (fallecido hacia 1085) y corroborada por monumentos sepulcrales, ofrece una versión diferente. Según esta tradición, el joven pontífice se arrepintió de sus pecados y buscó el consejo de Bartolomé, el cuarto abad de Grottaferrata. Siguiendo el consejo del santo, Benedicto IX renunció definitivamente al pontificado y murió en penitencia en Grottaferrata¹.

El pontificado de Benedicto IX es un ejemplo vívido de la complejidad y el caos de la Iglesia del siglo XI, lidiando con problemas de integridad clerical, interferencia política y la lucha por la autoridad en una Roma fragmentada^4,2,3. Su legado está marcado por la inestabilidad de su reinado y la urgente necesidad de reforma dentro del papado en ese momento³. Su historia se enmarca en un período donde «el mundo yacía en la maldad, la santidad había desaparecido, la justicia había perecido y la verdad había sido enterrada», con la simonía y la inmoralidad clerical siendo problemas rampantes⁵.