El pontificado de Bonifacio III, que duró desde el 19 de febrero de 607 hasta el 12 de noviembre de 607, fue breve pero significativo,.
Afirmación de la Primacía Romana
Una de sus acciones más notables fue la obtención de un decreto del emperador Focas,. Este decreto, emitido en contra de Ciriaco, el Obispo de Constantinopla, establecía que la «Sede del Bienaventurado Pedro Apóstol sería la cabeza de todas las Iglesias» y que el título de «Obispo Universal» pertenecía exclusivamente al Obispo de Roma. Esta declaración reforzó la posición del papado como la máxima autoridad espiritual en la Cristiandad, un concepto que influiría en la estructura de la Iglesia durante siglos. Este reconocimiento fue similar a uno realizado ochenta años antes por Justiniano.
Concilio Romano y Decretos Eclesiásticos
En Roma, Bonifacio III convocó un concilio al que asistieron setenta y dos obispos y todo el clero romano. En este concilio, promulgó un decreto que prohibía, bajo pena de excomunión, que cualquier persona tratara o discutiera el nombramiento de un sucesor de un papa o un obispo mientras este estuviera vivo. También estableció que no se tomarían medidas para proveer un sucesor hasta tres días después del entierro del difunto. Aunque las actas de este concilio se han perdido, se desconoce la razón específica de este decreto.
Legado y Carácter
A pesar de la brevedad de su reinado, Bonifacio III es descrito como un hombre de «fe y carácter probados». Su énfasis en la oficina papal sentó importantes bases para futuros papas y el desarrollo continuo de la autoridad de la Iglesia.