Elección y estilo de gobierno
Clemente IX fue considerado un pontífice afable, culto y moderado. Gozó de gran popularidad entre los habitantes de Roma, no solo por su formación intelectual, sino también por su cercanía y su caridad personal. Evitó favorecer económicamente a su propia familia, una actitud poco habitual en una época todavía marcada por el nepotismo pontificio.
El papa dedicaba dos días por semana a escuchar confesiones en la basílica de San Pedro y visitaba con frecuencia los hospitales. También entregaba abundantes limosnas a los pobres. Su preocupación por las condiciones económicas de la población romana le llevó a intervenir en el comercio del grano: compró el privilegio concedido a un monopolista para vender cereales y permitió que la medida apareciera formalmente bajo el nombre de su predecesor, Alejandro VII, que había reunido el dinero necesario.
Clemente IX procuró además mantener una administración económica austera. La disciplina financiera permitió a la Santa Sede proporcionar ayuda material a Venecia durante la defensa de Creta frente a los turcos otomanos.
La controversia jansenista
Uno de los problemas más delicados del pontificado fue la controversia jansenista. El conflicto se centraba en la relación entre la gracia divina y la libertad humana, así como en la autoridad de las condenas romanas dirigidas contra determinadas tesis asociadas al jansenismo.
Clemente IX intentó alcanzar una solución conciliadora mediante un acuerdo conocido como Paz Clementina (Pax Clementina). La fórmula pretendía aliviar el conflicto en torno al formulario impuesto durante el pontificado de Alejandro VII y favorecer la aceptación práctica de las decisiones pontificias sin agravar la división entre los obispos, los teólogos y los partidarios de Port-Royal.,
La concordia resultó temporal. La tradición historiográfica católica posterior juzgó que la distinción entre la aceptación de una doctrina en sí misma y la obediencia concreta a una decisión eclesiástica no resolvió plenamente el problema. El Enchiridion symbolorum de Denzinger recoge como falsa, temeraria e injuriosa para Clemente IX la proposición que atribuye al pontífice haber restaurado la paz mediante la aprobación de una distinción entre «derecho y hecho» en la firma del formulario de Alejandro VII.
Por tanto, la Paz Clementina no debe interpretarse como una revocación de las condenas contra el jansenismo. Representó más bien un intento de pacificación disciplinar y pastoral dentro de la fidelidad a la autoridad doctrinal de la Santa Sede.
Relaciones con Francia y la paz europea
Clemente IX actuó como mediador en los conflictos entre las grandes potencias católicas. Su intervención contribuyó a la Paz de Aquisgrán entre Francia y España. Al mismo tiempo, advirtió a Luis XIV contra una política exterior cada vez más agresiva.
El pontífice entendía la diplomacia como un instrumento al servicio de la paz cristiana y de la estabilidad europea. Su política no eliminó las tensiones entre la monarquía francesa y la Santa Sede, pero mostró un estilo distinto del enfrentamiento directo: prefería la negociación, la mediación y la exhortación moral.
Portugal
Después de la independencia portuguesa respecto de España, Clemente IX reorganizó la situación eclesiástica de Portugal. La cuestión portuguesa exigía recomponer las relaciones entre la Corona y la Santa Sede, así como asegurar la continuidad de la vida diocesana y de la jurisdicción eclesiástica.
