El pontificado de Clemente IX, aunque corto (dos años, cinco meses y diecinueve días), estuvo marcado por importantes iniciativas y un espíritu de conciliación.
Caridad y Administración Interna
Clemente IX era conocido por su profunda caridad. Para aliviar a sus súbditos, compró el monopolio del macinato (privilegio de venta de grano), utilizando fondos previamente recaudados por su predecesor, y publicó el decreto en nombre de Alejandro VII para aumentar la buena voluntad. Dos días a la semana, se sentaba en un confesionario en la Basílica de San Pedro para escuchar a quien deseara confesarse con él. También visitaba frecuentemente los hospitales y era generoso en sus limosnas a los pobres.
En una época caracterizada por el nepotismo, Clemente IX se abstuvo de promover o enriquecer a su propia familia. Su aversión a la notoriedad era tal que prohibió que su nombre fuera colocado en los edificios erigidos durante su reinado. Mediante una estricta economía, logró poner en orden las finanzas papales.
Diplomacia y Paz en Europa
Clemente IX se distinguió por su enfoque diplomático y esfuerzos por promover la paz y la unidad. Actuó como árbitro en la Paz de Aquisgrán entre Francia y España, y amonestó severamente a Luis XIV por su agresiva política expansionista. También reorganizó la Iglesia en Portugal después de su independencia de España.
Un aspecto notable de su papado fue su intento de apaciguar la controversia jansenista en Francia mediante un compromiso conocido como la Pax Clementina,. Aunque este acuerdo proporcionó una tregua temporal, la insinceridad de los jansenistas hizo que fuera de corta duración,.
Apoyo a la Defensa de Creta
El Papa Clemente IX proporcionó ayuda material a Venecia para la defensa de Creta, que estaba siendo asediada por los turcos. Lamentablemente, a pesar de sus exhortaciones, las potencias europeas no respondieron con suficiente apoyo, y la isla se perdió para la Cristiandad después de una resistencia de veinte años. La noticia de la caída de Creta se dice que aceleró su muerte.
Canonizaciones y Beatificaciones
Durante su pontificado, Clemente IX realizó importantes actos de santificación:
Supresión de Órdenes Religiosas
En 1668, Clemente IX suprimió tres órdenes religiosas —los Canónigos Regulares de San Gregorio en Alga, los Jerónimos de Fiesole y los Gesuati de San Juan Colombino— al considerar que no aportaban utilidad al pueblo cristiano ni se esperaba que lo hicieran en el futuro. Sus considerables bienes y rentas fueron destinados, a petición de la República de Venecia, a sufragar los gastos de la guerra de Candía contra los turcos.
