Eugenio, romano de nacimiento, era hijo de un hombre llamado Rufiniano1. Antes de su elección al papado, se desempeñó como presbítero en la Iglesia de Roma1. Su elección como Papa tuvo lugar en un contexto de gran inestabilidad. El emperador bizantino Constante II había exiliado al Papa Martín I a Quersoneso, en Crimea, debido a la oposición de este último al monotelismo, una doctrina teológica que sostenía que Cristo tenía una sola voluntad operativa1,2.
La sede de Roma permaneció vacante durante catorce meses tras el arresto de Martín I1. Finalmente, Eugenio fue consagrado obispo de Roma el 10 de agosto del año 654, mientras el Papa Martín I aún vivía en el exilio1,2. Esta situación, en la que un nuevo Papa era elegido mientras el anterior aún no había fallecido, es inusual en la historia de la Iglesia y se debió a la presión imperial para resolver la situación de la sede romana1. Martín I, al enterarse de la elección de Eugenio, expresó su preocupación por el bienestar del rebaño de Cristo y la necesidad de un pastor en Roma1.

