Los catorce años de pontificado de Gregorio I fueron de intensa actividad, a pesar de su constante mala salud, que incluía indigestión crónica, ataques de fiebre y, en la última mitad de su papado, gota. A pesar de estas dolencias, su biógrafo, Pablo el Diácono, afirmó que «nunca descansó».
Reformas administrativas y pastorales
Al inicio de su pontificado, Gregorio publicó su Liber pastoralis curae (Libro de la Regla Pastoral), una obra sobre el oficio episcopal que se convirtió en un texto fundamental para el episcopado católico durante siglos. En esta obra, Gregorio presenta al obispo como un «médico de almas» y describe cómo debe ordenarse la vida del obispo desde un punto de vista espiritual, cómo debe enseñar y amonestar a sus subordinados, y cómo debe recordar su propia debilidad a pesar de sus buenas obras,,. El emperador Mauricio lo hizo traducir al griego, y San Agustín de Canterbury lo llevó a Inglaterra, donde el rey Alfredo el Grande lo tradujo trescientos años después,.
Gregorio vivió con sencillez monástica como Papa, y una de sus primeras acciones fue reemplazar a todos los asistentes laicos del Palacio de Letrán por clérigos. Ante la ausencia de un magister militum en Roma, el control de los asuntos militares recayó también en el Papa. Las incursiones lombardas habían llenado la ciudad de refugiados indigentes, para quienes Gregorio proveyó apoyo utilizando la maquinaria de los distritos eclesiásticos existentes, cada uno con su diaconía u «oficina de limosnas». El grano distribuido procedía principalmente de Sicilia y era suministrado por las propiedades de la Iglesia.
También se preocupó por las necesidades espirituales de su pueblo, y un gran número de sus sermones han llegado hasta nosotros. Instituyó las «estaciones» que aún se observan en el Misal Romano, reuniéndose con el clero y el pueblo en una iglesia preestablecida para luego ir en procesión a la iglesia de la estación, donde se celebraba la Misa y el Papa predicaba. Estos sermones eran exposiciones sencillas y populares de la Escritura, caracterizadas por su dominio bíblico y el uso de anécdotas.
Gregorio prohibió la exacción de tarifas por entierros en iglesias, ordenaciones o la concesión del palio, y prohibió a los diáconos dirigir la parte cantada de la Misa para evitar que fueran elegidos por sus voces en lugar de por su carácter. Su sentido de la justicia también se manifestó en su trato ilustrado hacia los judíos, a quienes no permitió que fueran oprimidos o privados de sus sinagogas,. Declaró que debían ser ganados por la mansedumbre y la caridad, no por la coacción,.
Liturgia y Canto Gregoriano
Gregorio Magno es tradicionalmente asociado con la reforma de la liturgia romana y el desarrollo del Canto Gregoriano,,. Aunque existía un canto litúrgico distintivo en Roma antes de su tiempo, fue este Pontífice quien le dio mayor prominencia y una «cierta disposición final» al canto romano,. Se le atribuye la compilación del Antifonario y la revisión y reorganización del sistema de música eclesiástica,.
En el Canon de la Misa, introdujo dos cambios significativos: la inserción de las palabras «Y dispón nuestros días en tu paz, y manda que seamos preservados de la condenación eterna, y que seamos contados en el rebaño de tus elegidos» y la alteración de la posición del Padrenuestro para que se dijera inmediatamente después del Canon. Argumentó que era inapropiado recitar una oración compuesta por un escolar sobre la oblación, en lugar de la oración que el Redentor mismo compuso sobre su Cuerpo y Sangre.
El Canto Gregoriano se caracteriza por su cadencia meditativa y conmovedora, que expresa alegría, tristeza, arrepentimiento, petición, esperanza, alabanza o acción de gracias, según la fiesta o la oración. Ha sido elogiado por papas como San Pío X y el Concilio Vaticano II, que lo reconoció como propio de la liturgia romana y le otorgó el «primer lugar» en los servicios litúrgicos.
Misiones y evangelización
Uno de los logros más queridos por Gregorio fue la conversión de Inglaterra. Aunque el episodio de los «Anglos y Ángeles» es debatido, es probable que el impulso inicial para enviar una misión viniera de la propia Inglaterra. Gregorio ordenó la compra de esclavos ingleses para educarlos en un monasterio para el servicio de Dios. Sin embargo, la misión principal la confió a un grupo de cuarenta misioneros de su propio monasterio de San Andrés, bajo el liderazgo de San Agustín de Canterbury. La exitosa evangelización de los anglosajones es un testimonio duradero de su visión misionera.
Relaciones con Constantinopla
Durante casi todo su pontificado, San Gregorio estuvo en conflicto con Constantinopla, ya sea con el emperador, el patriarca o ambos. Protestó constantemente contra las exacciones de los funcionarios bizantinos que oprimían al pueblo italiano y remonstró con el emperador por un edicto que prohibía a los soldados hacerse monjes.
Tuvo una correspondencia acalorada con Juan el Ayunador, Patriarca de Constantinopla, por el uso del título de «Ecumenico» o «Universal» que este jerarca había asumido,. Gregorio interpretó este título como un acto de orgullo y lo consideró arrogante,. Él, por su parte, aunque fue un firme defensor de la dignidad papal, prefirió llamarse a sí mismo con el título humildemente orgulloso de Servus servorum Dei (Siervo de los siervos de Dios), un título que aún conservan sus sucesores,.