La Inquisición
Gregorio IX es particularmente recordado por su papel en el establecimiento de la Inquisición. Antes de su papado, la tarea de buscar herejes recaía en los obispos de sus respectivas diócesis. En 1224, como legado papal en Lombardía, aprobó y publicó la ley imperial de Federico II que ordenaba la quema de herejes en la hoguera. En febrero de 1231, promulgó una ley para Roma que estipulaba que los herejes condenados por un tribunal eclesiástico debían ser entregados al poder secular para recibir su «debido castigo», que era la muerte por fuego para los obstinados y la prisión de por vida para los penitentes.
Gregorio IX estableció la llamada Inquisición Monástica, nombrando a los dominicos como inquisidores oficiales para todas las diócesis de Francia en abril de 1233. Es importante señalar que la pena de muerte por fuego era un castigo común para herejes y traidores en esa época, no siendo una medida más severa de Gregorio IX en comparación con otros gobernantes.
Promoción de las Órdenes Mendicantes
Gregorio IX fue un devoto amigo y generoso patrón de las órdenes mendicantes, como los franciscanos y los dominicos, que comenzaron a florecer en el siglo XIII,. Estas órdenes fueron fundamentales en la revitalización de la Iglesia y en la lucha contra la herejía.
Canonización de Santos
El calendario de los santos fue enriquecido con nombres populares durante su pontificado.
El 16 de julio de 1228, canonizó a San Francisco de Asís,,,,. Al día siguiente, colocó la primera piedra de la iglesia y el monasterio erigidos en honor del santo. También participó en la composición del Oficio de San Francisco y escribió himnos en su honor.
El 30 de mayo de 1232, canonizó a San Antonio de Padua.
El 10 de junio de 1233, a San Virgilio, obispo de Salzburgo y apóstol de Carintia.
El 8 de julio de 1234, a Santo Domingo.
El 27 de mayo de 1235, a Santa Isabel de Turingia.
Además, Gregorio IX consideró la canonización de Santa Hildegarda de Bingen, solicitando la examinación de sus escritos por maestros de teología en París, incluyendo sus libros Scivias, Liber vitae Meritorum y Liber divinorum Operum.
Desarrollo del Derecho Canónico
Una de las mayores contribuciones de Gregorio IX fue la compilación de las Decretales Papales, una obra que encargó a Raimundo de Peñafort y que se completó en 1234,. Esta colección se convirtió en una parte fundamental del derecho canónico de la Iglesia,.
Esfuerzos por la Reunión de las Iglesias
Gregorio IX también mantuvo la esperanza de lograr la reunión de las Iglesias Latina y Griega. En 1232, tras una conversación con franciscanos, Germanos, Patriarca de Constantinopla, escribió a Gregorio IX reconociendo la primacía papal, aunque se quejó de la persecución de los griegos por los latinos. El Papa envió una respuesta cordial y comisionó a cuatro monjes eruditos (dos franciscanos y dos dominicos) para tratar la reunión. Sin embargo, los griegos se adhirieron a su doctrina sobre la procesión del Espíritu Santo y la validez del pan sin levadura en la consagración, frustrando los esfuerzos de Gregorio IX.