Reforma y disciplina
Gregorio V intervino en cuestiones de disciplina eclesiástica y apoyó la organización de sínodos. Su pontificado coincidió con un movimiento de renovación que aspiraba a corregir abusos, proteger los bienes de la Iglesia y fortalecer la vida monástica. La reforma todavía no poseía la fuerza centralizadora que alcanzaría en tiempos de Gregorio VII, pero ya defendía una mayor independencia de la Iglesia frente a la nobleza y los gobernantes seculares.
El Papa también actuó contra quienes dañaban los derechos patrimoniales de las instituciones eclesiásticas. Amenazó con la excomunión a Ardoino, marqués de Ivrea, si no reparaba los perjuicios causados a la iglesia de Santa María de Ivrea, a sus siervos y a su obispo.
Monasterios y privilegios
A petición de Otón III, Gregorio V concedió privilegios excepcionales a varios monasterios alemanes y participó junto al emperador en sínodos dedicados a la regulación de asuntos eclesiásticos.
Entre sus actuaciones documentadas figura la confirmación de los privilegios del monasterio de San Salvador del monte Amiata. El pontífice colocó la abadía bajo la jurisdicción de la Sede apostólica, protegió sus bienes, garantizó la libertad de elección del abad y prohibió que otras autoridades eclesiásticas ejercieran jurisdicción allí sin autorización romana.
Estas decisiones muestran una concepción activa de la autoridad pontificia. Gregorio no se limitó a respaldar la política imperial, sino que afirmó los derechos jurídicos de monasterios y obispados y reforzó la intervención directa de Roma en la protección de las instituciones eclesiales.
La Iglesia de Inglaterra
Hacia 997, el arzobispo Aelfrico acudió a Roma para recibir el palio y consultar al Papa sobre la sustitución de los canónigos seculares de la catedral de Canterbury por monjes. Gregorio le entregó su propio palio como signo especial de honor y ordenó que el monasterio acogiera religiosos de acuerdo con la tradición atribuida a san Gregorio Magno y a la misión de san Agustín de Canterbury.
Este episodio manifiesta la dimensión universal del ministerio pontificio. Aunque Gregorio dependía militarmente del emperador para regresar a Roma, su autoridad espiritual se extendía a las iglesias de las islas británicas y alcanzaba cuestiones de organización monástica, disciplina y sucesión apostólica.