El pontificado de Gregorio XIV fue notablemente breve, durando tan solo diez meses y diez días, desde el 5 de diciembre de 1590 hasta el 15 de octubre de 1591,. A pesar de su corta duración, su papado estuvo marcado por una intensa actividad y un firme compromiso con los principios de la Contrarreforma,.
Apoyo a la Liga Francesa
Una de las principales preocupaciones de Gregorio XIV fue la situación en Francia. Tras la muerte de Enrique III en 1589, Enrique de Navarra, un protestante, era el sucesor legítimo al trono según la Ley Sálica. Sin embargo, la idea predominante en la época era que ningún protestante podía ser rey de una Francia mayoritariamente católica. Aunque Enrique de Navarra había declarado su intención de convertirse al catolicismo el 4 de agosto de 1589, no había cumplido su promesa.
Por ello, Gregorio XIV decidió apoyar enérgicamente a la Liga Francesa en sus esfuerzos por deponer a Enrique por la fuerza de las armas, una decisión alentada por Felipe II de España. El 1 de marzo de 1591, en su carta monitorial al Concilio de París, renovó la sentencia de excomunión contra Enrique de Navarra. Ordenó al clero, la nobleza, los funcionarios judiciales y el Tercer Estado de Francia que lo repudiaran, bajo pena de severas sanciones. Además, envió una subvención mensual de 15.000 escudos a París y despachó a su sobrino, Ercole Sfondrati, al frente de las tropas papales a Francia.
Nombramiento de Cardenales
Durante su pontificado, Gregorio XIV creó cinco cardenales, entre los que se encontraba su sobrino, Paolo Camillo Sfondrati. También intentó, sin éxito, persuadir a San Felipe Neri para que aceptara el capelo cardenalicio.
Bulas y Decretos Importantes
Gregorio XIV emitió varias bulas y decretos significativos:
«Cogit nos» (21 de marzo de 1591): Esta bula prohibió, bajo pena de excomunión, todas las apuestas relacionadas con la elección de un papa, la duración de un pontificado o la creación de nuevos cardenales.
Decreto sobre los indígenas de Filipinas (18 de abril de 1591): En un acto de justicia social, ordenó que se hiciera reparación a los indígenas de Filipinas por parte de sus conquistadores, siempre que fuera posible. Además, bajo pena de excomunión, mandó que todos los esclavos indígenas de las islas fueran liberados.
Aprobación de la Compañía de Jesús: El 28 de junio de 1591, Gregorio XIV aprobó de nuevo y de la manera más amplia el Instituto de la Compañía de Jesús (los jesuitas) mediante una bula papal. Ratificó y confirmó todos los privilegios otorgados a la Compañía por sus predecesores, en particular el derecho de expulsar y admitir miembros sin necesidad de un proceso judicial formal. Impuso un silencio absoluto sobre este asunto, prohibiendo bajo pena de excomunión mayor impugnar el Instituto, las constituciones o los decretos de la Compañía, o intentar modificarlos.
Reformas y Comisiones
Continuando con el espíritu de la Contrarreforma, Gregorio XIV se comprometió a promover la fe católica y a abordar la corrupción clerical. Nombró comisiones para la revisión de la Biblia Sixtina y para continuar la revisión del Breviario Pian. La primera comisión tuvo su primera sesión el 7 de febrero de 1591, y la segunda el 21 de abril de 1591.
El 21 de septiembre de 1591, elevó a la dignidad de orden religiosa a la Congregación de los Padres de la Buena Muerte (Clérigos Regulares Ministrantes a los Enfermos), fundada por San Camilo de Lelis,.