Tras la muerte de Martín IV el 28 de marzo de 1285 en Perugia, quince de los dieciocho cardenales del Colegio Cardenalicio se reunieron para una consulta preliminar y fijaron el 2 de abril de 1285 para la elección del nuevo Papa. La elección se llevó a cabo sin el cónclave prescrito por Gregorio X y suspendido por Juan XXI. En la primera votación, Giacomo Savelli fue elegido por unanimidad y tomó el nombre de Honorio IV. Su elección fue una de las más rápidas en la historia del papado, posiblemente debido a las complicaciones en Sicilia que no permitían un interregno prolongado, y al deseo de los cardenales de evitar la interferencia injustificable que había ocurrido en la elección del Papa anterior.
El 19 de mayo de 1285, el nuevo pontífice fue ordenado sacerdote por el Cardenal Malabranca Orsini de Ostia, y al día siguiente fue consagrado obispo y coronado Papa en la Basílica de San Pedro en Roma. Honorio IV ya era de edad avanzada y padecía una gota tan severa que no podía ni ponerse de pie ni caminar. Durante la Misa, debía sentarse en un taburete, y en la Elevación, sus manos tenían que ser levantadas por un mecanismo.
Asuntos sicilianos y política exterior
Los asuntos sicilianos requirieron la atención inmediata de Honorio IV. Los sicilianos habían rechazado el gobierno de Carlos de Anjou y habían tomado a Pedro III de Aragón como su rey sin el consentimiento papal, lo que implicaba una negación de la soberanía papal sobre Sicilia. El Papa Martín IV había excomulgado a Pedro III y lo había privado del Reino de Aragón, otorgándoselo a Carlos de Valois, hijo del Rey Felipe III de Francia. Martín IV también había apoyado los intentos de Carlos de Anjou de recuperar Sicilia por la fuerza.
Los sicilianos no solo repelieron los ataques de Carlos de Anjou, sino que también capturaron a su hijo, Carlos de Salerno. Carlos de Anjou murió el 6 de enero de 1285, dejando a su hijo cautivo como sucesor. Honorio IV era menos impulsivo y más inclinado a la paz que su predecesor, Martín IV, pero no renunció a las reclamaciones de la Iglesia y de la Casa de Anjou sobre la corona siciliana. Tampoco anuló las severas sanciones eclesiásticas impuestas a Sicilia ni restituyó a Pedro III el Reino de Aragón. Sin embargo, no aprobó el gobierno tiránico al que los sicilianos habían estado sujetos bajo Carlos de Anjou. Esto se evidencia en su legislación, la constitución del 17 de septiembre de 1285, «Constitutio super ordinatione regni Siciliae», en la que estableció 45 ordenanzas destinadas a proteger al pueblo de Sicilia contra su rey y sus funcionarios. En caso de violación de estas ordenanzas, el pueblo podía apelar a la Sede Apostólica para obtener reparación, y el rey estaba obligado a observarlas bajo pena de excomunión.
Martín IV había permitido al Rey Felipe III de Francia gravar al clero con una décima parte de sus ingresos durante cuatro años para financiar la guerra contra Pedro III. Honorio IV aprobó esta acción de su predecesor. Cuando Eduardo I de Inglaterra le solicitó que interviniera para poner fin a la guerra, Honorio IV respondió que Pedro III merecía ser castigado y que Felipe III no debía ser impedido de cosechar los frutos de una guerra emprendida al servicio y a instancia de la Iglesia.
La muerte de Pedro III el 11 de noviembre de 1285 cambió la situación siciliana. Sus dos hijos, Alfonso y Jaime, le sucedieron como Rey de Aragón y Rey de Sicilia, respectivamente. Honorio IV no reconoció a ninguno de ellos.
Relaciones con el Sacro Imperio Romano Germánico y otros estados
Las relaciones entre Honorio IV y el rey alemán Rodolfo de Habsburgo fueron muy cordiales. Las negociaciones para la coronación imperial de Rodolfo, iniciadas durante el pontificado de Adriano V (1276) y continuadas durante el de Nicolás III (1277-1280), habían sido suspendidas durante el de Martín IV (1281-1285). Inmediatamente después de la ascensión de Honorio IV, estas negociaciones se reanudaron, y se fijó el 2 de febrero de 1287 como el día en que Rodolfo sería coronado emperador en la Basílica de San Pedro en Roma. El Papa solicitó a los prelados alemanes que contribuyeran con una parte de sus ingresos para cubrir los gastos del viaje de Rodolfo a Roma.
Con el norte de Italia, Honorio IV tuvo pocas relaciones más allá de las de carácter puramente eclesiástico. El 16 de marzo de 1286, levantó el interdicto que Martín IV había impuesto a Venecia por negarse a equipar una flota para el servicio de Carlos de Anjou. En Florencia y Bérgamo, logró la abolición de algunas leyes recién promulgadas que eran hostiles a la Iglesia y al clero.
Residencia en Roma y reformas
Los romanos estaban muy contentos con la elección de Honorio IV, ya que era ciudadano de Roma y hermano de Pandulfo, quien había sido elegido uno de los dos senadores anuales de Roma el verano anterior. Las continuas perturbaciones en Roma durante el pontificado de Martín IV habían impedido que ese Papa residiera en la ciudad, pero los romanos invitaron cordialmente a Honorio IV a establecer su residencia permanente allí. Durante los primeros meses de su pontificado, vivió en el Vaticano, pero en el otoño de 1285 se trasladó al magnífico palacio que acababa de construir en el Aventino.
Honorio IV es recordado por sus intentos de restaurar la estabilidad y la autoridad del papado en un período de agitación política. Se esforzó por apoyar a las órdenes mendicantes, especialmente a los franciscanos y dominicos, y por promover la educación y la reforma dentro de la Iglesia. También buscó abordar los problemas de la herejía y la necesidad de disciplina moral entre el clero.