El cisma fue un período tumultuoso para la Iglesia. Anacleto II contaba con el apoyo de treinta cardenales, la población mercenaria y la mayoría de las familias nobles de Roma, a excepción de los Corsi y los Frangipani. Inocencio II, al ver que la influyente familia Frangipani había abandonado su causa, se retiró inicialmente a la fortaleza de su familia en Trastevere y luego se dirigió a Francia a través de Pisa y Génova.
En Francia, Inocencio II obtuvo el apoyo de Luis VI, y en un sínodo en Etampes, los obispos, influenciados por la elocuencia de Suger de Saint-Denis, reconocieron su autoridad. San Norberto de Magdeburgo, Conrado de Salzburgo y los legados papales también trabajaron para que la elección de Inocencio fuera ratificada en un sínodo en Würzburg, donde el rey alemán y sus príncipes prometieron lealtad.
Intervención de San Bernardo de Claraval
San Bernardo de Claraval jugó un papel crucial en la consolidación del apoyo a Inocencio II. Decidió a favor de Inocencio II y logró que fuera reconocido por las principales potencias católicas. Viajó con el Papa a Italia, donde ayudó a calmar los disturbios y a reconciliar a Pisa con Génova, y a Milán con el Papa y Lotario.
En 1131, Inocencio II se reunió con el rey Lotario en Lieja, donde lo coronó solemnemente junto a la reina Richenza. Celebró la Pascua en Saint-Denis, París, y en octubre de 1131, abrió un gran sínodo en Reims, donde coronó al joven príncipe de Francia, futuro Luis VII. Este sínodo contó con la presencia de representantes de Inglaterra, Castilla y Aragón, y San Bernardo y San Norberto asistieron, promulgando varios cánones importantes.
En 1133, Inocencio II regresó a Roma y el 4 de junio coronó a Lotario como emperador en Letrán. Sin embargo, a la partida del emperador, Inocencio tuvo que abandonar Roma y dirigirse a Pisa, ya que el antipapa aún controlaba la ciudad. Un gran sínodo se celebró en Pisa en 1135, con la asistencia de obispos de España, Inglaterra, Francia, Alemania y Hungría.
En la primavera de 1137, el emperador Lotario, a petición del Papa, marchó hacia Roma. Las tropas papales e imperiales se encontraron en Bari, y el Papa fue nuevamente conducido a Roma. Anacleto aún mantenía una parte de la ciudad, pero murió el 25 de enero de 1138,. Aunque se eligió a otro antipapa, Víctor IV, este se sometió rápidamente, especialmente por las súplicas de San Bernardo, lo que permitió a Inocencio II asumir el papado sin oposición,.