El pontificado de Inocencio IV estuvo dominado por su prolongada lucha con el emperador Federico II, un conflicto que ya había sido una característica de los papados anteriores, como el de Gregorio IX,.
Negociaciones iniciales y ruptura
Inmediatamente después de su elección, Federico II envió mensajeros para felicitar al nuevo Papa y proponer la paz. Sin embargo, Inocencio IV, consciente de la falta de fiabilidad de las promesas del emperador por la experiencia de su predecesor, se negó a recibir a los mensajeros, ya que tanto ellos como el emperador estaban excomulgados. Dos meses después, envió legados a Federico II para pedir la liberación de los prelados capturados por el emperador mientras se dirigían a un concilio que Gregorio IX había planeado.
En marzo de 1244, Federico II llegó a un acuerdo con Inocencio IV, prometiendo restaurar los Estados Pontificios, liberar a los prelados y conceder amnistía a los aliados del Papa. Sin embargo, la insinceridad del emperador se hizo evidente cuando incitó disturbios en Roma y se negó a liberar a los prelados. Temiendo por su seguridad personal y limitado por la superioridad militar de Federico, Inocencio IV decidió abandonar Italia.
Concilio de Lyon y deposición de Federico II
El Papa Inocencio IV se trasladó a Lyon en diciembre de 1244, donde convocó un concilio general el 3 de enero de 1245, que se inauguró el 26 de junio del mismo año,. Los principales objetivos del concilio eran políticos, centrándose en la disputa entre la Iglesia y el emperador. Federico II estuvo representado por Tadeo de Suessa, quien ofreció nuevas concesiones a cambio de que su señor fuera liberado de la excomunión.
Inocencio IV rechazó estas ofertas y, durante la segunda sesión del concilio el 5 de julio, presentó nuevas acusaciones contra el emperador. Finalmente, en la tercera sesión del 17 de julio, Inocencio IV depuso solemnemente a Federico II. Posteriormente, ordenó a los príncipes alemanes que eligieran un nuevo rey, lo que llevó a la elección de Enrique Raspe de Turingia y, tras su muerte, de Guillermo de Holanda, aunque ninguno obtuvo un reconocimiento general. El Papa estaba decidido a la destrucción de Federico II y afirmó que ningún Hohenstaufen sería emperador nuevamente.
Continuación de la lucha y muerte de Federico II
Inocencio IV continuó la lucha contra Federico II con severidad implacable, incluso ordenando una cruzada contra él en 1249. Tras la muerte de Federico II en 1250, el Papa prosiguió la contienda contra sus sucesores, Conrado IV y Manfredo. En 1251, Inocencio IV regresó a Italia y entró en Roma en octubre de 1253.