El pontificado de Inocencio XI estuvo marcado por una constante lucha contra el absolutismo del rey Luis XIV de Francia,.
La Régale y la Declaración del Clero Francés
El conflicto se intensificó a partir de 1673, cuando Luis XIV extendió unilateralmente el derecho de la régale (el derecho del rey a percibir los ingresos de las diócesis vacantes y a nombrar a sus beneficiarios) a provincias donde previamente no se había ejercido, a pesar de que el Concilio de Lyon en 1274 había prohibido tal extensión bajo pena de excomunión. Los obispos Pavillon de Alet y Caulet de Pamiers protestaron contra esta extralimitación real y fueron perseguidos por el rey. Todos los esfuerzos de Inocencio XI para que Luis XIV respetara los derechos de la Iglesia resultaron inútiles.
En 1682, Luis XIV convocó una Asamblea del Clero Francés que, el 19 de marzo, adoptó los Cuatro Artículos conocidos como la «Declaración del Clero Francés» (véase galicanismo),. Estos artículos afirmaban la independencia del poder temporal del rey respecto al papa, la autoridad de los concilios ecuménicos sobre el papa, la inviolabilidad de las costumbres y reglas de la Iglesia francesa, y la necesidad del consentimiento de la Iglesia para que las decisiones papales en materia de fe fueran infalibles. Inocencio XI anuló los cuatro artículos mediante un rescripto el 11 de abril de 1682 y se negó a aprobar a cualquier candidato episcopal que hubiera participado en la asamblea,.
El Derecho de Asilo y la Persecución de los Protestantes
Para apaciguar al papa, Luis XIV adoptó la postura de un celoso defensor del catolicismo. En 1685, revocó el Edicto de Nantes, lo que llevó a una cruel persecución de los protestantes. Sin embargo, Inocencio XI expresó su descontento con estas medidas drásticas y continuó negando su aprobación a los candidatos episcopales,.
Además, Inocencio XI irritó aún más al rey al abolir el derecho de asilo, una prerrogativa por la cual los embajadores extranjeros en Roma podían dar refugio en sus palacios y alrededores a cualquier criminal buscado por la justicia papal. En un decreto del 7 de mayo de 1685, el papa notificó al nuevo embajador francés, el Marqués de Lavardin, que no sería reconocido a menos que renunciara a este derecho. Luis XIV se negó a ceder, y en noviembre de 1687, Lavardin entró en Roma al frente de una fuerza armada de unos 800 hombres y tomó posesión de su palacio por la fuerza. Inocencio XI lo trató como excomulgado y puso bajo interdicto la iglesia de San Luis en Roma, donde Lavardin asistió a los servicios el 24 de diciembre de 1687,.
La Sede de Colonia
La tensión entre el papa y el rey se exacerbó aún más por el procedimiento del papa para ocupar la sede arzobispal vacante de Colonia. La decisión recayó en el papa, quien designó a José Clemente como Arzobispo y Elector de Colonia. Luis XIV tomó represalias apoderándose del territorio papal de Aviñón, encarcelando al nuncio papal y apelando a un concilio general. Incluso insinuó su intención de separar completamente la Iglesia francesa de Roma, pero el papa se mantuvo firme,.
La caída de Jacobo II de Inglaterra destruyó la preponderancia francesa en Europa, y poco después de la muerte de Inocencio, el conflicto entre Luis XIV y el papado se resolvió a favor de la Iglesia.