El pontificado de Juan II, aunque breve, abordó importantes cuestiones doctrinales y administrativas.
Lucha contra la simonía
La preocupación por la simonía en las elecciones papales y episcopales fue una de las primeras prioridades de Juan II. El asunto fue llevado ante el Senado romano y la corte ostrogoda arriana en Rávena. Como resultado, el rey godo Atalarico confirmó un decreto (Senatus Consultum) emitido bajo el Papa Bonifacio II, que estaba dirigido específicamente contra la simonía en las elecciones papales. Atalarico añadió una disposición al decreto, estableciendo que si una elección disputada era llevada ante los funcionarios godos en Rávena por el clero y el pueblo romano, se deberían pagar tres mil solidi a la corte, suma que luego sería destinada a los pobres.
Relaciones con el poder secular
Juan II mantuvo buenas relaciones con el rey Atalarico, quien remitió a su tribunal todas las acciones presentadas contra el clero romano. El emperador bizantino Justiniano I también mostró su buena voluntad hacia la Sede de Roma en la persona de Juan II, enviándole su profesión de fe y numerosos y valiosos presentes.
Cuestiones doctrinales
Durante su pontificado, Juan II se ocupó de varias controversias doctrinales.
La fórmula «Uno de la Trinidad ha sido crucificado»
En Oriente, la fórmula «Uno de la Trinidad ha sido crucificado» había causado agitación como un intento de reconciliar varias sectas heréticas. Aunque previamente condenada por el Papa Hormisdas, la fórmula fue revivida en una forma modificada y defendida por Justiniano. Fue resistida por los Acoemetæ (monjes «sin sueño»), pero estos fueron condenados por el Papa, quien informó al emperador de su decisión el 24 de marzo de 534,.
Semi-pelagianismo
El pontificado de Juan II también es notable por su trabajo en la controversia del Semi-pelagianismo, una disputa teológica sobre el papel de la gracia divina en la salvación. Juan II se esforzó por asegurar la ortodoxia condenando esta herejía y apoyando las resoluciones del Concilio de Orange (529).
Disciplina eclesiástica
Juan II también intervino en asuntos de disciplina eclesiástica. Por ejemplo, debido a los crímenes de Contumeliosus, obispo de Riez en Provenza, Juan II ordenó a los obispos de la Galia que lo confinaran en un monasterio,. Hasta que se nombrara un nuevo obispo, el Papa instruyó al clero de Riez a obedecer al obispo de Arlés,.
En 535, doscientos diecisiete obispos reunidos en el Concilio de Cartago sometieron a Juan II la cuestión de si los obispos que habían caído en el arrianismo debían, tras el arrepentimiento, mantener su rango o ser admitidos a la comunión laica. La respuesta a esta pregunta, sin embargo, fue dada por su sucesor, Agapeto I, ya que Juan II falleció antes de poder responder.