Naturaleza del concilio
El Concilio Quinisexto, celebrado en Constantinopla en 692 y conocido también como Concilio Trullano, pretendió completar la obra disciplinar de los concilios ecuménicos quinto y sexto. La asamblea promulgó numerosos cánones sobre la disciplina clerical, el matrimonio, la liturgia y las costumbres cristianas.
El concilio reflejaba la tendencia del poder imperial bizantino a intervenir en cuestiones eclesiásticas. El emperador Justiniano II impulsó la asamblea y trató de obtener para sus decisiones una autoridad general sobre la Iglesia. Sin embargo, Roma no había participado en el concilio en igualdad de condiciones y varios cánones afectaban a costumbres y prerrogativas defendidas por la Iglesia latina.
La postura de la Sede Apostólica
El papa Sergio I, predecesor de Juan VI, rechazó la aceptación plena de los cánones trullanos. El emperador intentó obligarlo a trasladarse a Constantinopla, pero la resistencia de las milicias de Rávena y de la Pentápolis impidió la ejecución de la orden imperial. La oposición popular mostró que la defensa de la libertad de la Sede Romana había adquirido también una dimensión política en Italia.,
Juan VI ocupó la sede pontificia después de aquella crisis. Su pontificado mantuvo la tensión de fondo entre la obediencia formal al Imperio y la defensa de la autoridad propia de Roma. La cuestión trullana no desapareció: expresaba el conflicto entre una concepción imperial de la unidad eclesial, dirigida desde Constantinopla, y la convicción romana de que ningún concilio oriental podía imponer por sí solo normas a la Sede Apostólica ni alterar sus prerrogativas.
La tradición católica posterior consideró que el Concilio Quinisexto no alcanzó autoridad ecuménica plena en Occidente. La cuestión no consistía en rechazar toda norma disciplinar oriental, sino en negar que una asamblea convocada bajo iniciativa imperial pudiera comprometer a la Iglesia universal sin la recepción de Roma. La defensa de la primacía romana constituía el núcleo de la controversia.
Prudencia frente a las pretensiones imperiales
Juan VI actuó con prudencia en un escenario donde una ruptura abierta con Bizancio podía agravar la inseguridad militar de Roma. El papa necesitaba conservar la cooperación imperial frente a los lombardos, pero no podía aceptar que el emperador determinase unilateralmente la doctrina, la disciplina o los derechos de la Iglesia romana.
Su pontificado ilustra así una característica fundamental del papado de la época: la negociación política no implicaba renunciar a la autoridad eclesial. Juan VI podía recurrir a la mediación, tratar con funcionarios imperiales y utilizar recursos económicos para proteger a la población, sin convertir esas actuaciones en una aceptación de las pretensiones imperiales sobre la Sede Apostólica.