El pontificado de San León IX, que duró desde el 12 de febrero de 1049 hasta el 19 de abril de 1054, fue un período de intensa actividad reformadora. Antes de poder implementar sus reformas, tuvo que lidiar con un intento del ex-Papa Benedicto IX de recuperar el trono papal y también con la precaria situación financiera del papado.
Lucha contra la Simonía y el Celibato Clerical
Uno de los principales objetivos de León IX fue combatir la simonía (la compraventa de oficios eclesiásticos) y la relajación del celibato clerical, males que habían alcanzado proporciones alarmantes,,. Poco después de su ascenso, convocó un sínodo en Roma que anatematizó y depuso a los clérigos beneficiados culpables de simonía, y trató con severidad la relajación de la regla del celibato.
León IX no se limitó a emitir órdenes desde Roma; emprendió una serie de viajes por la Cristiandad occidental, una especie de «visitación apostólica», para hacer cumplir personalmente sus regulaciones y despertar la conciencia de las autoridades. Fue conocido como Peregrinus apostolicus, «el Peregrino Apostólico». Además de la reforma moral, que era su tema principal, instó a la extensión de la predicación y a una mejor ejecución del canto sagrado, un aspecto muy querido por él.
Condena de Berengario de Tours
En otro ámbito de actividad, San León IX se enfrentó a la necesidad de condenar las doctrinas de Berengario de Tours, quien negaba la presencia real de Cristo en la Eucaristía,. La herejía de Berengario fue condenada en el sínodo pascual de Roma en enero de 1050, y la condena fue repetida por el Papa meses después en Vercelli.
Intervención en Asuntos Políticos y Militares
León IX también se involucró en asuntos políticos, intentando mediar en conflictos como la reconciliación entre Enrique III y el rey Andrés de Hungría,.
Obtuvo para el patrimonio de San Pedro la posesión de Benevento y otros territorios en el sur de Italia, lo que en última instancia aumentó el poder temporal del papado. Sin embargo, estas posesiones se convirtieron en una gran carga, ya que fueron asoladas por los normandos. Llevó un ejército contra los invasores, pero fue derrotado y capturado en Civitella, siendo retenido por un tiempo en Benevento. Este suceso fue un golpe a su prestigio y fue severamente criticado por figuras como San Pedro Damián, quienes argumentaban que las batallas debían ser libradas por el emperador, no por el Vicario de Cristo.
Relaciones con Inglaterra y Escandinavia
Las crónicas de Inglaterra muestran que León IX mantuvo muchas relaciones con ese país y con su santo rey Eduardo. Dispensó al rey de un voto de peregrinación a Roma, a condición de que diera limosnas a los pobres y dotara un monasterio en honor a San Pedro. También autorizó el traslado de la Sede de Crediton a Exeter y prohibió la consagración del indigno Abad de Abingdon como obispo de Londres. El rey Macbeth de Escocia, inmortalizado por Shakespeare, también se cree que visitó Roma durante el pontificado de León IX.
León IX también discutió con Adalberto, Arzobispo de Bremen, la formación de un patriarcado que incluiría todos los países escandinavos, Islandia y Groenlandia, con Bremen como sede. Aunque el plan nunca se llevó a cabo, León IX autorizó la consagración por Adalberto del primer obispo nativo para Islandia.