San Nicolás I fue un celoso defensor de la moral cristiana y de la ley de Dios, incluso contra obispos y gobernantes poderosos.
La Santidad del Matrimonio
Uno de los conflictos más notables de su pontificado fue su lucha por la inviolabilidad del matrimonio con Lotario II de Lotaringia,. Lotario había repudiado a su esposa legítima, Teutberga, para casarse con Waldrada,. A pesar de que los obispos de Lorena aprobaron esta unión ilícita en el Sínodo de Aquisgrán en 862, y los legados papales, sobornados por el rey, consintieron en el Sínodo de Metz en 863, Nicolás I llevó el asunto a su propio tribunal. En el Sínodo de Letrán de octubre de 863, el Papa condenó y depuso a los arzobispos de Colonia y Tréveris, Günther y Tietgaud, así como a Juan de Rávena y Hagano de Bérgamo. A pesar de que el emperador Luis II apoyó a los obispos depuestos y el rey Lotario sitió Roma, Nicolás I se mantuvo firme en su determinación. Nunca cesó en sus esfuerzos por reconciliar a Lotario con su esposa legítima, aunque sin éxito.
Otro caso matrimonial en el que Nicolás I intervino fue el de Judith, hija de Carlos el Calvo, quien se había casado con Balduino, Conde de Flandes, sin el consentimiento de su padre,. Aunque obispos francos habían excomulgado a Judith, Nicolás I abogó por la indulgencia para proteger la libertad de matrimonio,. También excomulgó a Ingiltrud, esposa del Conde Boso, por abandonar a su marido por un amante, ordenando a los obispos que la excomulgaran si no regresaba con su esposo.
Conflictos con Obispos y el Primado Romano
Nicolás I también tuvo que enfrentar la resistencia de varios obispos que desafiaban la autoridad papal.
Arzobispo Juan de Rávena
El Arzobispo Juan de Rávena oprimía a los habitantes del territorio papal, trataba con violencia a sus obispos sufragáneos, les exigía dinero de forma injusta y encarcelaba ilegalmente a sacerdotes. Además, falsificó documentos para apoyar sus pretensiones contra la Sede Romana y maltrató a los legados papales. Después de que Juan ignorara las advertencias y una triple citación para comparecer ante el tribunal papal, fue excomulgado,. Finalmente, se sometió al Papa en el Sínodo Romano de noviembre de 861.
Arzobispo Hincmar de Reims
Otro conflicto importante surgió entre Nicolás I y el Arzobispo Hincmar de Reims, en relación con las prerrogativas del papado. El obispo Rothad de Soissons había apelado al Papa contra la decisión del Sínodo de Soissons de 861, que lo había depuesto. Hincmar se opuso a la apelación al Papa, pero finalmente tuvo que reconocer el derecho del papado a conocer las causas mayores y a emitir un juicio independiente sobre ellas,. También hubo una disputa sobre la elevación del clérigo Wulfad a la sede arzobispal de Bourges, donde Hincmar también se sometió a los decretos de la Sede Apostólica.