El pontificado de Pablo III estuvo marcado por su enérgico enfoque en la reforma de la Iglesia y su respuesta a la creciente amenaza del protestantismo,.
Convocatoria del Concilio de Trento
Uno de sus logros más significativos fue la convocatoria del Concilio de Trento. Aunque los intentos anteriores de convocar un concilio habían fracasado debido a disputas políticas y la resistencia de varios gobernantes, Pablo III, como cardenal, siempre había abogado firmemente por su celebración. Poco después de su elección, en octubre y noviembre de 1534, expresó la necesidad de un concilio general.
Finalmente, tras numerosas dificultades, el concilio inauguró su primera sesión el 13 de diciembre de 1545,. El objetivo principal era determinar definitivamente las doctrinas de la Iglesia en respuesta a las herejías protestantes y llevar a cabo una reforma exhaustiva de la vida interna de la Iglesia. El concilio abordó cuestiones doctrinales y disciplinarias, defendiendo la fe y la tradición litúrgica de la Iglesia,.
Durante las primeras siete sesiones, los Padres del concilio formularon la doctrina católica sobre las Escrituras, el pecado original, la justificación y los Sacramentos,. En particular, el concilio enseñó que los sacramentos contienen y confieren gracia, y que su uso (o el deseo de ellos) es necesario para la salvación. También definió la doctrina eucarística, afirmando la presencia real, verdadera y sustancial de Cristo en la Eucaristía, así como la transubstanciación,. Además, recibió y veneró con igual afecto y reverencia todos los libros del Antiguo y Nuevo Testamento, junto con las tradiciones apostólicas no escritas.
El concilio se interrumpió y trasladó a Bolonia debido a un brote de peste en Trento. Aunque Pablo III no fue el instigador del traslado, accedió a la decisión de los Padres. Posteriormente, el concilio fue prorrogado indefinidamente para evitar un cisma.
Reformas y nuevas órdenes religiosas
Pablo III inició reformas en la corte papal con un vigor que allanó el camino para los cánones disciplinarios de Trento. Nombró comisiones para informar sobre abusos de todo tipo y reformó la Cámara Apostólica, el tribunal de la Rota y la Penitenciaría.
Fue un gran partidario de las nuevas órdenes religiosas que surgieron en su tiempo, incluyendo a los Capuchinos, Barnabitas, Teatinos, Ursulinas y, notablemente, la Compañía de Jesús (los Jesuitas),. Aprobó la formación de la Compañía de Jesús el 27 de septiembre de 1540, mediante la bula «Regimini militantis ecclesiae»,. Los Jesuitas fueron designados para indicar su verdadero líder y su espíritu de soldado. Los primeros compañeros de San Ignacio de Loyola, incluyendo a Pedro Faber y Francisco Javier, hicieron votos de pobreza y castidad, y se ofrecieron al Papa para ser empleados en el servicio de Dios. Pablo III encargó a los Padres Laynez y Salmerón que asistieran como sus teólogos en el Concilio de Trento. La Compañía de Jesús se convirtió en un instrumento principal de la Contrarreforma, destacando en la educación, las misiones extranjeras y la lucha contra la expansión del protestantismo,,.
Relaciones con el Sacro Imperio Romano Germánico
Las relaciones de Pablo III con el emperador Carlos V fueron complejas. Aunque ambos deseaban un concilio, sus enfoques diferían. Carlos V creía que las diferencias religiosas en Alemania podían resolverse mediante conferencias, mientras que Pablo III insistía en que un concilio debía formular la fe con precisión para que ningún hereje pudiera suscribirla. A pesar de estas diferencias, Pablo III prometió ayuda militar a Carlos V en la Guerra de Esmalcalda contra los príncipes protestantes, con la condición de que el emperador no hiciera tratados separados con los herejes ni acuerdos perjudiciales para la fe o los derechos de la Santa Sede. Sin embargo, el emperador y sus asesores semi-protestantes impusieron el Interim de Augsburgo en Alemania, lo que molestó a Pablo III y contribuyó a su distanciamiento.