Origen de la controversia
El cisma de los Tres Capítulos había surgido a raíz de la condena, durante el reinado de Justiniano, de ciertos escritos y autores relacionados con la controversia cristológica posterior al Concilio de Calcedonia. Parte de los obispos de Italia, especialmente en Istria, consideró que aquella condena comprometía la autoridad de Calcedonia y la tradición doctrinal recibida.
La disputa no constituía una negación simple de la fe católica. Los obispos cismáticos afirmaban defender la enseñanza de los concilios anteriores, mientras que Roma sostenía que la condena de los Tres Capítulos podía armonizarse con la doctrina de Calcedonia. La controversia mezclaba cuestiones teológicas, disciplinares y políticas, porque las comunidades italianas valoraban también su autonomía frente a las intervenciones imperiales.
La política de unidad de Pelagio II
Durante una tregua con los lombardos, Pelagio renovó los esfuerzos para restaurar la comunión con los obispos de Istria. Dirigió varias cartas a Elías de Grado y a otros obispos de la región. El papa defendía que la fe de Pedro no podía ser destruida ni modificada y afirmaba que la posición romana coincidía con la fe del Concilio de Calcedonia y de los tres primeros concilios ecuménicos.
Pelagio exhortó a los cismáticos a recuperar la unidad eclesial y consideró que mantenían la división por cuestiones superfluas. Sin embargo, sus cartas no lograron poner fin a la ruptura, que continuó durante aproximadamente dos siglos.
El papa contó con la colaboración del diácono Gregorio, futuro Gregorio I Magno. Gregorio había desempeñado funciones de representante pontificio en Constantinopla y actuó también como consejero y secretario de Pelagio. Durante este periodo redactó una extensa carta dirigida a los obispos cismáticos de Istria, pero tampoco consiguió restablecer la unidad.
La intervención del exarca
La autoridad imperial intentó resolver el conflicto mediante la presión política. El exarca Esmaragdo arrestó a Severo, sucesor de Elías, y lo obligó mediante amenazas a entrar en comunión con Juan de Rávena. Cuando Severo regresó a su sede, rechazó el acuerdo impuesto y el cisma continuó.
Este episodio muestra los límites de la coerción política en asuntos de comunión eclesial. La intervención del exarca podía forzar un gesto externo, pero no producía una reconciliación estable. Pelagio II optó principalmente por la argumentación doctrinal y la exhortación pastoral, aunque aceptaba el marco imperial que protegía jurídicamente a la Iglesia romana.