Siricio también se vio obligado a tomar una postura firme contra varios movimientos heréticos,.
Jovinianismo
Un monje romano llamado Jovinian se opuso a los ayunos, las buenas obras y el mérito superior de la vida célibe, encontrando algunos seguidores entre monjes y monjas en Roma. Entre 390 y 392, el Papa celebró un sínodo en Roma donde Jovinian y ocho de sus seguidores fueron condenados y excluidos de la comunión con la Iglesia. La decisión fue enviada a San Ambrosio, obispo de Milán, quien a su vez celebró un sínodo en la alta Italia que también condenó a los herejes.
Bonoso de Sardica
Otros herejes, incluido el obispo Bonoso de Sardica (alrededor del 390), fueron acusados de errores en el dogma de la Trinidad y defendieron la falsa doctrina de que María no fue siempre virgen. Siricio y Ambrosio se opusieron a Bonoso y sus seguidores, refutando sus puntos de vista. El Papa luego dejó los procedimientos adicionales contra Bonoso en manos del obispo de Tesalónica y otros obispos ilirios.
Controversia Prisciliana
Al igual que su predecesor Dámaso, Siricio intervino en la controversia prisciliana. Condenó enérgicamente a los obispos acusadores de Prisciliano que habían llevado el asunto ante un tribunal secular y habían logrado que el usurpador Máximo condenara a muerte y ejecutara a Prisciliano y algunos de sus seguidores. Aunque Máximo intentó justificar su acción enviando los autos del caso al Papa, Siricio excomulgó al obispo Félix de Tréveris, quien apoyó a Itacio, el acusador de Prisciliano, y en cuya ciudad se había llevado a cabo la ejecución. El Papa dirigió una carta a los obispos españoles en la que establecía las condiciones para que los priscilianos conversos fueran restaurados a la comunión con la Iglesia.
Cisma Meleciano en Antioquía
En Oriente, Siricio intervino para resolver el cisma meleciano en Antioquía, que había persistido a pesar de la muerte de Melecio en 381 en el Concilio de Constantinopla. Los seguidores de Melecio eligieron a Flaviano como su sucesor, mientras que los adherentes del obispo Paulino, tras la muerte de este en 388, eligieron a Evagrio. Evagrio murió en 392, y gracias a la gestión de Flaviano, no se eligió un sucesor. Mediante la mediación de San Juan Crisóstomo y Teófilo de Alejandría, una embajada, encabezada por el obispo Acacio de Berea, fue enviada a Roma para persuadir a Siricio de reconocer a Flaviano y readmitirlo a la comunión con la Iglesia.