Tras la muerte del Papa León IX el 19 de abril de 1054, el cardenal subdiácono Hildebrando (quien más tarde sería el Papa Gregorio VII) encabezó una legación romana para solicitar al emperador que designara a Gebhard como papa,. En la Dieta de Maguncia en septiembre de 1054, el emperador accedió, pero Gebhard inicialmente se negó a aceptar la dignidad papal. Finalmente, en una Dieta de la corte en Ratisbona en marzo de 1055, aceptó el papado con la condición de que el emperador restituyera a la Sede Apostólica todas las posesiones que le habían sido arrebatadas.
El emperador consintió, y Gebhard, acompañado por Hildebrando, viajó a Roma, donde fue formalmente elegido y entronizado solemnemente el Jueves Santo, 13 de abril de 1055, tomando el nombre de Víctor II,. Incluso como papa, retuvo la diócesis de Eichstätt.
Reformas Eclesiásticas
Víctor II fue un digno sucesor de León IX, combatiendo con incansable celo la simonía y el concubinato clerical,. Contando con el fuerte apoyo del emperador, a menudo logró éxitos donde León IX había fallado. El 4 de junio de 1055, Domingo de Pentecostés, celebró un gran sínodo en Florencia en presencia del emperador y 120 obispos. En este sínodo, se confirmaron decretos anteriores contra la simonía y la incontinencia, y varios obispos infractores fueron depuestos.
También envió mensajeros al rey Fernando de España con amenazas de excomunión si continuaba negándose a reconocer a Enrique III como emperador romano, a lo que Fernando se sometió.
Relación con el Imperio
La cooperación entre el papado y el poder imperial fue una característica definitoria de su pontificado. Antes de que el emperador regresara a Alemania, transfirió al papa los ducados de Spoleto y Camerino. A principios de 1056, Víctor II envió a Hildebrando de regreso a Francia para continuar su labor contra la simonía y el concubinato, nombrando también a los arzobispos Raimbaud de Arlés y Pontius de Aix como legados papales para combatir estos vicios en el sur de Francia.
A finales del verano de 1056, el emperador lo invitó urgentemente a Alemania, llegando a Goslar el 8 de septiembre. Acompañó a Enrique III a Botfeld, en las montañas del Harz, donde el 5 de octubre presenció la muerte prematura del emperador. Antes de morir, el emperador confió a su sucesor de seis años, Enrique IV, y la regencia del reino al papa.
El 28 de octubre, después de enterrar al emperador en la catedral de Espira, Víctor II aseguró la sucesión imperial de Enrique IV al entronizarlo solemnemente en Aquisgrán. Fortaleció aún más la posición del joven rey recomendándolo a la lealtad de los príncipes en la Dieta imperial que convocó en Colonia a principios de diciembre, y en la Dieta de la corte de Ratisbona el día de Navidad.