Vigilio nació en una distinguida familia romana; su padre, Johannes, ostentó el título de cónsul, otorgado por el emperador. Su hermano, Reparatus, fue senador2. Vigilio inició su carrera en la Iglesia Romana, sirviendo como diácono en el año 531. En ese mismo año, el clero romano aprobó un decreto que facultaba al Papa para determinar la sucesión en la Sede Papal. De hecho, Bonifacio II lo eligió como su sucesor y lo presentó ante el clero reunido en San Pedro. Sin embargo, la oposición a este procedimiento llevó a Bonifacio a retirar su designación al año siguiente y a quemar el decreto2.
Posteriormente, Agapeto I (535-536), el segundo sucesor de Bonifacio, nombró a Vigilio como su representante papal (Apocrisiario) en Constantinopla. Durante su estancia en la capital oriental, la emperatriz Teodora intentó ganarse su apoyo para vengar la deposición del patriarca monofisita Ántimo de Constantinopla por Agapeto, y para promover los intereses monofisitas. Se dice que Vigilio aceptó los planes de la emperatriz, quien le prometió el pontificado y una considerable suma de dinero2.
Tras la muerte de Agapeto el 22 de abril de 536, Vigilio regresó a Roma con cartas de la corte imperial y dinero. Mientras tanto, Silverio había sido nombrado Papa bajo la influencia del rey de los godos. Sin embargo, el comandante bizantino Belisario guarneció Roma, y bajo falsas acusaciones, depuso a Silverio. Bajo la presión de Belisario, Vigilio fue elegido Papa en lugar de Silverio y fue consagrado el 29 de marzo de 537. Vigilio se aseguró de que el depuesto Silverio quedara bajo su custodia, donde este último falleció poco después debido a los maltratos. Tras la muerte de Silverio, Vigilio fue reconocido por todo el clero romano, aunque la forma de su elevación a la Sede de Roma no fue regular2,3,1. La emperatriz Teodora, sin embargo, se sintió engañada, ya que una vez en el papado, Vigilio mantuvo la misma postura que su predecesor contra los monofisitas y el depuesto Ántimo2.

