Las diferencias entre el protestantismo y el catolicismo son profundas y abarcan aspectos teológicos, eclesiológicos y sacramentales.
La Autoridad del Papa y el Oficio Petrino
Una de las principales objeciones protestantes a la Iglesia Católica es el primado de jurisdicción del Romano Pontífice, que fue concedido a Pedro y a sus sucesores en la Sede de Roma. Aunque algunos protestantes reconocen un primado de honor o incluso cierta jurisdicción, la consideran de origen humano y no divino. La Enciclopedia Católica señala que la cuestión del Papa y su autoridad es un marcador decisivo del protestantismo.
Para algunos protestantes, el papado es visto como el «Anticristo», y el anti-catolicismo y la oposición al Papa son elementos de identidad del «protestantismo esencial». Sin embargo, existe también un «protestantismo accidental» que, aunque difiere en el oficio petrino, no considera esta diferencia como una distorsión fundamental del Evangelio. Para estos últimos, si el Papa permitiera el Evangelio, estarían dispuestos a reconocer su autoridad suprema. El oficio petrino, por su existencia y función, fuerza a los protestantes a reconocer qué tipo de protestantes son, actuando como una «espina en la carne» de la práctica del juicio privado en materia de doctrina y moral.
La Naturaleza de la Iglesia
La Iglesia Católica no utiliza el título de «Iglesia» en sentido propio para referirse a las comunidades cristianas surgidas de la Reforma del siglo XVI. Esto se debe a que, según la doctrina católica, estas comunidades carecen de la sucesión apostólica en el sacramento del Orden y, por lo tanto, están privadas de un elemento constitutivo de la Iglesia. Al no haber conservado la sustancia genuina e íntegra del misterio eucarístico debido a la ausencia del sacerdocio sacramental, no pueden ser llamadas «Iglesias» en el sentido propio.
El Catecismo de la Iglesia Católica reconoce que aquellos nacidos en estas comunidades y criados en la fe de Cristo no pueden ser acusados del pecado de la separación. La Iglesia Católica los acepta con respeto y afecto como hermanos, ya que han sido justificados por la fe en el Bautismo e incorporados a Cristo. Sin embargo, el Catecismo de Baltimore de 1954 afirma que las iglesias protestantes no poseen las «marcas de la verdadera Iglesia» (unidad, santidad, catolicidad y apostolicidad) porque carecen de un gobierno y fe unificados, sus doctrinas se consideran fundadas en el error, no han existido en todas las épocas ni lugares, y no fueron establecidas por los Apóstoles.
Sacramento y la Analogía del Ser
Charles Journet distinguió entre dos conceptos de cristianismo: el mnémico (típico de la teología protestante) y el ontológico (típico de la teología católica). La diferencia radica en cómo se constituye la presencia de Cristo en el cristianismo. La espiritualidad católica se basa en la Encarnación y la transfiguración de la materia por el espíritu, manifestada en la instrumentalidad de los sacramentos, la visibilidad de la Iglesia y la resurrección de la carne.
En contraste, la espiritualidad protestante, según Journet, tiende hacia una desencarnación o separación de la materia y el espíritu. En la visión protestante, Cristo está presente en el tiempo a través de signos, símbolos y promesas, lo que desde una perspectiva católica puede ser visto como un retorno nostálgico al Antiguo Testamento. Esta diferencia se conecta con la analogía del ser (analogia entis), una doctrina católica que permite que los privilegios divinos se comuniquen analógicamente a las criaturas sin afectar la trascendencia divina. Algunos teólogos protestantes, como Karl Barth, consideraron la analogia entis como una «invención del Anticristo» y una razón fundamental para no convertirse en católico.
La importancia de la Eucaristía también es un punto de división. Si bien los protestantes dan gran importancia a la gracia divina, la Iglesia Católica insiste en la plenitud de la Eucaristía como fuente de gracia, un don divino que subraya la unidad y, a la vez, la división.