La época asmonea
Durante el gobierno de los asmoneos, las disputas entre saduceos y fariseos reflejaron diferencias religiosas y políticas. Los saduceos estaban asociados a sectores sacerdotales y a las élites gobernantes; los fariseos, en cambio, defendían además de la Ley escrita una tradición oral y contaban con notable influencia entre la población. La Comisión Bíblica Pontificia describe a los saduceos como conservadores en su interpretación de la Ley y a los fariseos como partidarios de una interpretación más innovadora.
La influencia saducea varió con los cambios de poder. Alcanzó gran fuerza bajo Aristóbulo I y Alejandro Janeo, disminuyó durante el gobierno de Alejandra Salomé y volvió a crecer bajo Aristóbulo II. Los conflictos dinásticos asmoneos y la intervención romana alteraron después el equilibrio político de Jerusalén.
Bajo el dominio romano
Pompeyo conquistó Jerusalén en el año 63 a. C. y ejecutó a varios dirigentes saduceos. Herodes el Grande también eliminó a miembros de la antigua élite al consolidar su poder. Aun así, los saduceos conservaron funciones sacerdotales y una influencia variable en el consejo judío. La intervención de Herodes y de los gobernadores romanos en el nombramiento y la destitución de sumos sacerdotes limitó la autonomía de los grupos sacerdotales.
En tiempos de Jesús, el grupo mantenía vínculos con el sacerdocio de Jerusalén y con las instituciones de gobierno. No conviene, sin embargo, confundir a todos los sacerdotes con los saduceos ni atribuir a cada miembro del grupo una idéntica posición política o religiosa. La Comisión Bíblica Pontificia recuerda que las relaciones entre las diversas corrientes judías podían ser tensas y que los conflictos descritos en el Nuevo Testamento han de entenderse dentro de ese contexto.